| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 597,040 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 597,040 | 0 | G | C | 99.7% | 723.9 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 597,041 | 0 | C | G | 99.7% | 730.7 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (144/164); total (145/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 597,042 | 0 | T | A | 99.4% | 724.3 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (142/163); minor base C (2/0); total (145/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
AACTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGT‑GAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGC‑GTGGGATTTGCCAGGCCGCCG‑CTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCGCTTGCC‑GTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGATTATAGGGCATTTCTGCCGTTGCGCTCGGGCGACCATGAAAATAGCCGTTGCCGGTAAAATTCTGCCCGATTAATGCGCTACCGCGCACCGTATCACCTTCACGAATCAAGCTACCATTGGCCTGCCAGGGAAACCACCAT > CP042583/596766‑597319 ||| gcgcggcAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGT‑GAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGC‑GTGGGATTTGCCAGGCCGCCG‑CTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCC‑GTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTg < 1:1972903/288‑1 (MQ=255) 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AACTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGT‑GAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGC‑GTGGGATTTGCCAGGCCGCCG‑CTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCGCTTGCC‑GTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGATTATAGGGCATTTCTGCCGTTGCGCTCGGGCGACCATGAAAATAGCCGTTGCCGGTAAAATTCTGCCCGATTAATGCGCTACCGCGCACCGTATCACCTTCACGAATCAAGCTACCATTGGCCTGCCAGGGAAACCACCAT > CP042583/596766‑597319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |