Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 606,988 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 606,988 | 0 | A | T | 98.0% | 696.2 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.96e-03 | |||||||||||
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* | CP042583 | 606,989 | 0 | G | C | 99.3% | 708.8 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (134/163); minor base A (1/1); total (135/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 606,990 | 0 | T | A | 98.0% | 699.8 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (129/164); minor base C (6/0); total (135/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.96e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
CGGTGGTGCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCAGTCTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGAGCGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGT > CP042583/606708‑607266 ||| gtgCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGtt > 1:2493043/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |