Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 607,146 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 607,146 | 0 | A | T | 100.0% | 728.6 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (167/137); total (167/137) | |||||||||||
* | CP042583 | 607,147 | 0 | G | C | 99.7% | 717.4 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (165/137); total (167/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 607,148 | 0 | C | G | 99.7% | 723.3 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (166/137); total (167/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
CTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCAGTCTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGAGCGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGG > CP042583/606862‑607426 ||| cACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCa > 1:2959083/1‑288 (MQ=255) cgcgcTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTgcg < 2:2484902/288‑1 (MQ=255) gAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACt < 2:1453569/289‑1 (MQ=255) aaCCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGAATGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTGTCGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTg > 1:2976413/1‑289 (MQ=255) ttACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGc < 1:2161857/288‑1 (MQ=255) aCTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGc < 1:1940870/264‑1 (MQ=255) tCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTAc > 1:476255/1‑289 (MQ=255) 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aGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACg > 1:200741/1‑258 (MQ=255) gtTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGccc < 1:1268767/288‑1 (MQ=255) cTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATTCCCGCGTTACGCATTGCTAACCGACTTGTGGGTAATGACGCTCATGCCCCCGCGATGga > 2:3031279/1‑289 (MQ=255) gTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCgg > 2:703989/1‑288 (MQ=255) cctcactcAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGt < 1:3194988/260‑1 (MQ=255) actcAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGtt < 1:1189295/272‑1 (MQ=255) ctcAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTgcggcg < 1:410986/177‑1 (MQ=255) ctcAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCa < 2:1900135/179‑1 (MQ=255) gCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGa > 2:1656748/1‑222 (MQ=255) ccTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGggtggt > 1:3063170/1‑289 (MQ=255) ccTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGggtggt > 1:2412166/1‑289 (MQ=255) ccTGTTTGATCCGGCGCGTGACCAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCcgcg < 2:2780844/189‑1 (MQ=255) cTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGggtggt < 1:3031279/288‑1 (MQ=255) tttGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTa > 1:2774092/1‑198 (MQ=255) tttGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGGTCACTCTCGGTCCGTTAACTGTTGAGTTCGCAACCGATGGGAGGttt > 2:2602725/1‑287 (MQ=255) ttGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGGTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGct < 2:2974210/289‑1 (MQ=255) cgcgTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCa < 1:1223609/160‑1 (MQ=255) cgcgTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTAc > 1:2290403/1‑179 (MQ=255) aTCTTCTTTCGTCCGGTAGACATCGTGCGCTTTGGACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGGTTATTCGTGCGGGCA‑GTATACCACTGTTCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCGGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATTCCCGCGTTACTCATTTCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGGTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAtcg < 2:2181462/289‑1 (MQ=255) taCGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGc < 2:1287262/165‑1 (MQ=255) aCGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCa < 2:2291371/138‑1 (MQ=255) tCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACg > 2:91310/1‑155 (MQ=255) tCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACg < 1:91310/155‑1 (MQ=255) tCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGggtggt > 2:498941/1‑250 (MQ=255) ccGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATTACGCCAATGCCCCCGCCCTGGCGTTCACCCCCCGTCAGTTACCTGTCTAGTTCGAACACGACGGGTGGCTTGCTCTGTCCGGTCCCGGTTCCGAACCGCGGCTGggtgg > 2:2847236/1‑288 (MQ=255) gagaCAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAg > 1:3127500/1‑272 (MQ=255) agaCAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAAt < 1:1793524/288‑1 (MQ=255) 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cGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACg < 1:1392/198‑1 (MQ=255) cGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACg > 2:1392/1‑198 (MQ=255) gcTTTGGACCGGAGAGGGAGGGAGTATGCTGAAGGTTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCGGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGAc < 2:1737183/288‑1 (MQ=255) tGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAg > 2:422554/1‑256 (MQ=255) aggaggGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTg < 1:703989/286‑1 (MQ=255) ggagggagTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGAc < 2:1182233/272‑1 (MQ=255) gggagTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGct < 1:197449/219‑1 (MQ=255) gggagTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGct > 2:197449/1‑219 (MQ=255) gggagTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGa > 1:2518158/1‑289 (MQ=255) 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CTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCAGTCTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGAGCGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGG > CP042583/606862‑607426 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |