Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 438,113 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 438,113 | 0 | A | T | 100.0% | 493.7 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 438,114 | 0 | G | C | 100.0% | 484.5 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (101/103); total (101/103) | |||||||||||
* | CP042583 | 438,115 | 0 | C | G | 99.5% | 486.2 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (101/102); minor base A (0/1); total (101/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
ACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTAGTGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATAGCATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTAGCGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCA > CP042583/437835‑438391 ||| aCTTGCCCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGt < 1:79457/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |