Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 612,814 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 612,814 | 0 | A | T | 99.8% | 1021.2 / ‑5.9 | 425 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (221/203); minor base G (1/0); total (222/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 612,815 | 0 | C | G | 99.5% | 1008.2 / NA | 425 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (220/203); total (222/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 612,816 | 0 | T | A | 99.5% | 1010.1 / NA | 425 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (219/202); minor base G (1/1); total (222/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 425 total aligned reads displayed.
TGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGACTTTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCACCGCCACGGTGGAAGGCTGGTAACTGGAAATCAACGGCACCACCGCAATGCCAAAATGGTTGGTGTAGTCGAGATTGCCCTGAACCGGAATATCTGCCACGCCATCGGTGCTGACCATCAGGCGTGGTTCATTGGTGGAGCTGCGGCGATGAAATGCTGCACCATATTGGGTTGCGGTGAAAGAACCGCT > CP042583/612536‑613092 ||| tctTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGAGTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATcgcg < 1:330824/289‑1 (MQ=255) ttCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCtt < 2:2917982/289‑1 (MQ=255) ttCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCt > 2:2218848/1‑288 (MQ=255) gCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGttt > 1:198736/1‑286 (MQ=255) 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tCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGc > 2:1149286/1‑266 (MQ=255) tCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTagg > 1:2759650/1‑286 (MQ=255) tCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAg > 1:3020784/1‑288 (MQ=255) tCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAg > 2:3185397/1‑288 (MQ=255) tCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAg > 2:2208566/1‑288 (MQ=255) cTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGt < 1:2513830/284‑1 (MQ=255) cTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtc > 1:2605464/1‑289 (MQ=255) tGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGCATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtca < 2:90990/289‑1 (MQ=255) gAATAATGCAGCTTTGCTCCACCCAGGCCACGTTAGACCGTTGATGTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCTGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGtt < 2:2285613/289‑1 (MQ=255) cAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGcc > 2:1182608/1‑215 (MQ=255) acattggcccACCCCAGACTAGGGTAAACAGTTGGTTTTCAGCTACACCGCTTAACCGGGCATGTCCTTTCCCGCCAACCATACCCTGGCTAATGCCTCTTTCATCCTGGCGGGTATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCCCCGCCa < 2:1841642/279‑1 (MQ=255) aGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCACCGCCa < 1:1511303/288‑1 (MQ=255) ttGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCACCGCCACGGTg > 1:2959103/1‑289 (MQ=255) cTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCt < 1:3051612/208‑1 (MQ=255) cTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg > 2:1277056/1‑271 (MQ=255) 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aCCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACg < 2:382112/240‑1 (MQ=255) aCCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACg > 1:382112/1‑240 (MQ=255) ccACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATAACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCACCGCCACGGTGGAAGGCTGGTAAc < 1:1177858/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |