| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 614,584 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 614,585 | 0 | C | G | 100.0% | 757.9 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (156/160); total (156/160) | |||||||||||
| * | CP042583 | 614,586 | 0 | T | A | 99.7% | 755.5 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (155/160); minor base C (1/0); total (156/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |