Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 622,443 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 622,443 | 0 | A | T | 99.2% | 881.4 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (179/190); minor base C (3/0); total (183/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 622,444 | 0 | G | C | 99.7% | 881.5 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (182/189); total (183/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 622,445 | 0 | C | G | 99.5% | 884.3 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (182/189); total (183/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
TGAAGGTCTTGAACGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCAGCCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCAGCTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGAGCAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACC > CP042583/622169‑622724 ||| tCTTGAACGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGa < 2:2924565/288‑1 (MQ=255) tACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTgg < 1:827764/289‑1 (MQ=255) tACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCCCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTgg > 2:564594/1‑289 (MQ=255) cGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCa > 1:95098/1‑288 (MQ=255) aTTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACctggcgctg < 1:508263/289‑1 (MQ=255) cAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAAccc > 1:1334759/1‑289 (MQ=255) gcttctcgcTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCa < 1:574562/281‑1 (MQ=255) ctcgcTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCtt > 1:1729221/5‑289 (MQ=255) cgcggaagggcgtcgACGCGTTAATCCCGCTGCGTAAAGAGATGATCCGCTACGATGGCAACAGCGGCACCCGCGCAGTGGTGCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTga < 2:796083/275‑1 (MQ=255) tGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATggcg > 2:489632/1‑233 (MQ=255) tGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCg > 1:1041472/1‑289 (MQ=255) ttAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTa > 1:2832944/1‑289 (MQ=255) ttAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAACACCACATGGGCCTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGCGCGCCTTGTGCACCTTGCGGTGGCGTTTCACCCTTCCCACCTTGCTACTGGAAGCCCGGTAGTTa > 2:2956285/1‑289 (MQ=255) aTGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATggcggc < 1:119868/219‑1 (MQ=255) aTGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTga > 2:2239562/1‑260 (MQ=255) aTGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGt > 1:2332303/1‑285 (MQ=255) aTGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGt > 2:1082171/1‑285 (MQ=255) ttAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCg < 2:1164236/289‑1 (MQ=255) gCCCCGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGTTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAg < 1:2774690/289‑1 (MQ=255) ccACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATggcggc > 1:885829/1‑199 (MQ=255) aCGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACt > 2:937989/1‑289 (MQ=255) gCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTtg < 1:639223/289‑1 (MQ=255) tggaaCCCGCGGAGTGGTTGTCGGGATGGCGAACCGTGGTCGCCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGCAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGag < 2:2042998/284‑1 (MQ=255) cGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATg > 2:1218560/1‑179 (MQ=255) gTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGtt > 2:287041/1‑235 (MQ=255) ctcGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGagcag < 1:423083/272‑1 (MQ=255) ctcGGGAGGGGGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTAAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCaa < 2:1608971/289‑1 (MQ=255) gggATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGCCTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCa < 1:1835418/289‑1 (MQ=255) ggATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCa < 2:668297/288‑1 (MQ=255) aTGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCAcc < 2:694946/288‑1 (MQ=255) ggCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAg < 1:2903332/246‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |