| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 627,530 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 627,530 | 0 | A | T | 99.5% | 895.3 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 627,531 | 0 | G | C | 99.7% | 888.2 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (197/177); minor base T (1/0); total (198/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 627,532 | 0 | C | G | 99.7% | 892.5 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (197/177); total (198/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
ACTCCATTCTGGAAGCCATCGACGCAGGCATCAAACTGATTATCACCATCACTGAAGGCATCCCGACGCTGGATATGCTGACCGTGAAAGTGAAGCTGGATGAAGCAGGCGTTCGTATGATCGGCCCGAACTGCCCAGGCGTTATCACTCCGGGTGAATGCAAAATCGGTATCCAGCCTGGTCACATTCACAAACCGGGTAAAGTGGGTATCGTTTCCCGTTCCGGTACACTGACCTATGAAGCGGTTAAACAGACCACGGATTACGGTTTCGGTCAGAGCACCTGTGTCGGTATCGGCGGTGACCCGATCCCGGGCTCTAACTTTATCGACATTCTCGAAATGTTCGAAAAAGATCCGCAGACCGAAGCGATCGTGATGATCGGTGAGATCGGCGGTAGCGCTGAAGAAGAAGCAGCTGCGTACATCAAAGAGCACGTTACCAAGCCAGTTGTGGGTTACATCGCTGGTGTGACTGCGCCGAAAGGCAAACGTATGGGCCACGCGGGTGCCATCATTGCCGGTGGGAAAGGGACTGCGGATGAGAAATTCGCTGCTCT > CP042583/627252‑627810 ||| gAAGCCATCGACGCAGGCATCAAACTGATTATCACCATCACTGAAGGCATCCCGACGCTGGATATGCTGACCGTGAAAGTGAAGCTGGATGAAGCAGGCGTTCGTATGATCGGCCCGAACTGCCCAGGCGTTATCACTCCGGGTGAATGCAAAATCGGTATCCAGCCTGGTCACATTCACAAACCGGGTAAAGTGGGTATCGTTTCCCGTTCCGGTACACTGACCTATGAAGCGGTTAAACAGACCACGGATTACGGTTTCGGTCAGTCGACCTGTGTCGGTATcggcg > 1:575265/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |