Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 632,537 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 632,537 | 0 | A | T | 99.7% | 860.3 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (165/191); total (167/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 632,538 | 0 | G | C | 99.7% | 859.4 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (166/192); minor base A (1/0); total (167/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 632,539 | 0 | T | A | 99.7% | 862.3 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (167/191); minor base C (0/1); total (167/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
AGTGACGCTGAAGGGATACTGGAAAATGCTTTCTGGCAAATTGCGCTCAATGAGGATGGTTCTCTGCAACTGGTAGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATAGTCCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGAGTGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTAGCCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACT > CP042583/632261‑632816 ||| gACGCTGAAGGGATACTGGAAAATGCTTTCTGGCAAATTGCGCTCAATGAGGATGGTTCTCTGCAACTGGTAGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGcc < 2:1348203/288‑1 (MQ=255) taatGGAAAATGTTTTCTTGCAAATGGAGCTGAATGAGGATGGTTTTCTGCAACTGGTCGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGTTATGAGGATGGTGGTGAATATGACAGTGAACCCGCAAATGAAGAGGGGGTAAGTACCGCAGCGAACGCGAAGCCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCAGTTATCCGTTGTCAAATGGCAGTGCAGCTAAATTTGTCAGAATGCAGCGCCCGGCAATCCACTgg < 2:2025760/286‑1 (MQ=255) tACTGGAAAATGCTTTCTGGCAAATTGCGCTCAATGAGGATGGTTCTCTGCAACTGGTAGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTgg < 2:1174121/289‑1 (MQ=255) tACTGGAAAATGCTTTCTGGCAAATTGCGCTCAATGAGGATGGTTCTCTGCAACTGGTAGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTgg < 1:2818471/289‑1 (MQ=255) tACTGGAAAATGCTTTCTGGCAAATTGCGCTCAATGAGGATGGTTCTCTGCAACTGGTAGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTgg < 1:37980/289‑1 (MQ=255) ggAAAATGCTTTCTGGCAAATTGCGCTCAATGAGGATGGTTCTCTGCAACTGGTAGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTgg < 2:808570/285‑1 (MQ=255) tCTGGCAAATTGCGCTCAATGAGGATGGTTCTCTGCAACTGGTAGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGggtggt > 1:2732977/1‑289 (MQ=255) ttGCGCTCAATGAGGATGGTTCTCTGCAACTGGTAGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGCAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGt < 2:2239570/289‑1 (MQ=255) cTCAATGAGGATGGTTCTCTGCAACTGGTAGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCAc > 1:601134/1‑287 (MQ=255) tCAATGAGGATGGTTCTCTGCAACTGGTAGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCActc < 1:537097/288‑1 (MQ=255) 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ggTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCtt < 1:1316912/288‑1 (MQ=255) tgCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAAcagc < 1:2195722/257‑1 (MQ=255) tgCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATTCACCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAAcacc > 2:2195722/1‑255 (MQ=255) 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AGTGACGCTGAAGGGATACTGGAAAATGCTTTCTGGCAAATTGCGCTCAATGAGGATGGTTCTCTGCAACTGGTAGATAAAGACAGCGGTGTGCGCTATGACCGGGTATTGCAAATTGAAGAAAGCTCTGATGATGGTGATGAATATGACTATAGTCCCGCAAAAGAAGAGTGGGTAATTACCGCAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGAGTGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTAGCCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACT > CP042583/632261‑632816 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |