| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 438,253 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 438,253 | 0 | A | T | 100.0% | 523.2 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 438,254 | 0 | G | C | 99.5% | 517.0 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (100/116); minor base T (0/1); total (100/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 438,255 | 0 | C | G | 99.5% | 518.1 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (100/116); minor base A (0/1); total (100/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
CCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTAGTGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATAGCATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTAGCGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGAGTCTGGCCTGCT > CP042583/437974‑438532 ||| cGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATaa < 1:1270658/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |