Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 641,360 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 641,360 | 0 | A | T | 98.9% | 904.4 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 641,361 | 0 | G | C | 100.0% | 904.6 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (178/202); total (178/202) | |||||||||||
* | CP042583 | 641,362 | 0 | C | G | 100.0% | 898.8 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (178/202); total (178/202) |
Only 100 of 380 total aligned reads displayed.
CGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTAGTTTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCAGCCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTCGCCTTGAGCAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTGGCATTTACTTCTGACCAGGCCGGTCGTCCGCAGGTTTATAAAGTGAATATCAACGGCGGTGCGCCACAACGTATTACCTGGGAAGGTAGCCAGAACCAGGATGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGC > CP042583/641080‑641639 ||| ttggttCATACCAACTGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGCAGTTTACAACCAGTTTGTCGTTCCCCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGGCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGATCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGTTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTCGCCTTGTCGAAAACCg < 2:2838447/286‑1 (MQ=255) 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ccAGTTTGTCGTGCACCTTTCACCGCAGCCGGTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAACCTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTCGCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGc < 2:2864439/289‑1 (MQ=255) ttGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTGATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTCGCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTaa < 2:3087233/289‑1 (MQ=255) tCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTCGCCTTGTCGAAAACCgg > 1:3162146/1‑217 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |