| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 646,264 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 646,264 | 0 | A | T | 99.5% | 1020.1 / NA | 428 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (212/213); minor base G (1/1); total (213/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 646,265 | 0 | G | C | 99.1% | 995.9 / ‑2.6 | 428 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (210/213); minor base T (2/2); total (213/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 646,266 | 0 | C | G | 100.0% | 1018.4 / NA | 428 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (213/215); total (213/215) | |||||||||||
Only 100 of 428 total aligned reads displayed.
ACGCTTTGGGGGAAAGATGGATTTTTTTAGTGTGCAGAATATCCTGGTACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCAGTTGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCC‑TGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGAGCCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTAGCATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCAAGCATTAGGATTACAGGTTGTGATGCCTGAACTGCAACCGGACGCTTTCCCGTTCTGGGATAGTTGCATGATGGTGTTATCTATCGTGGCAATGATTCTGATGACGCGTAAGTAT > CP042583/645984‑646542 ||| aCGCTTTGGGGGAAAGATGGATTTTTTTAGTGTGCAGAATATCCTGGTACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCC‑TGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACaa > 1:2426580/1‑289 (MQ=255) 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ccTGGTACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATCGGCCTTGCCAGGCTTGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCC‑TGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTCTGCGTGGTGGTGAAAACCCAGTCCGTACGAGGCGTGCTTGAAATTTTGCGGGTTGTCa > 2:2011307/1‑289 (MQ=255) gTACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAAGCACGATAGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGTCATTCTGGAGAATATCGGCAACTACTTCTTTGACCTGACCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTTTTTGCCAGTC‑TGCTATTACAGGTTTTTTTCTTTTCCGCGAATCTTTACGTTTGGTATCCGTGGTTGCTACAACCCCGTCAGAAACAGGCGTGATTTAAAATTTGCTGGTTgaatttg > 2:1856349/1‑282 (MQ=255) tACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCC‑TGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTTCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGcc > 2:2487838/1‑289 (MQ=255) 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gCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCC‑TGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGt > 2:1060537/1‑289 (MQ=255) aGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCC‑TGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTg > 1:2496261/1‑289 (MQ=255) aGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCC‑TGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTg > 1:2648603/1‑289 (MQ=255) 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tcatGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCC‑TGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCgttgtt > 1:3063572/4‑288 (MQ=255) tGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCGGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCCGCTGTATGCCAGCC‑TGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATACTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGCAGGCACCCAGCTGTGTGGCGGTTTGCgttgtttcga > 2:3186118/1‑285 (MQ=255) tGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCC‑TGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGTCGGAGTTGAAAACTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTAGCGGTTTGCgttgtttcga < 1:2213795/289‑5 (MQ=255) 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ggTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCAAGCATTAGGATTACAGGTTGTGATGCCTGAACTGCAACCGGACGCTTTCCCGTTCTGGGATTCATGCatga < 1:2317605/246‑1 (MQ=255) ||| ACGCTTTGGGGGAAAGATGGATTTTTTTAGTGTGCAGAATATCCTGGTACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCAGTTGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACC‑TTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCC‑TGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGAGCCGACAAACCAGTCAGAACGAGGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTAGCATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCAAGCATTAGGATTACAGGTTGTGATGCCTGAACTGCAACCGGACGCTTTCCCGTTCTGGGATAGTTGCATGATGGTGTTATCTATCGTGGCAATGATTCTGATGACGCGTAAGTAT > CP042583/645984‑646542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |