Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 458,856 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 458,856 | 0 | A | T | 100.0% | 842.6 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 458,857 | 0 | G | C | 99.7% | 835.1 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (179/170); minor base A (0/1); total (179/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 458,858 | 0 | C | G | 100.0% | 838.3 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (179/171); total (179/171) |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
TCTATTTTTTAGAATAGAGTGCATATTTTCAATTAAGACATTCTTAGAGGATAAAAAGGAATTTACTACTATCAGTGTCTTAAATAAAGTAATCGGTTATATACGGATGTGGAGTCGATAAATGAGATTGAAGGAATATATATGAAATTAAGATTTATTAGCTCTGCGCTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTAGTGTGAATACTGACAGCGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTATTGGCCATTGCATCCAGTACCAATACAACAACAGCAACGGGTGTCGGTATTGAAATACTTGATAATACATCCGCAATTCTCAAACCTGATGGGAATAGCTTCAG > CP042583/458577‑459133 ||| aTAGAGTGCATATTTTCAATTAAGACATTCTTAGAGGATAAAAAGGAATTTACTACTATCAGTGTCTTAAATAAAGTAATCGGTTATATACGGATGTGGAGTCGATAAATGAGATTGAAGGAATATATATGAAATTAAGATTTATTTCGTCTGCGCTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACt < 1:549027/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |