Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 662,981 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 662,981 | 0 | A | T | 99.1% | 519.9 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 662,982 | 0 | C | G | 99.6% | 524.8 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (110/112); minor base T (1/0); total (111/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 662,983 | 0 | T | A | 99.6% | 525.9 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (111/111); total (111/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TCCCGCCTCCACCAGTCCTAAACTCGTGCTAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTA‑TCAACAGTCGGTTGCCGCT‑GGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCG‑ACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAACTATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCACTTTCGTTACACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAA > CP042583/662702‑663261 ||| gtccTCCACCCGTCCTAATGACGTCCAAAGATGACGCACTTCGTAAACACAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTA‑TCAACAGTCGGTTGCCGCT‑GGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCG‑ACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTacac < 2:968498/287‑1 (MQ=255) 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cAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTA‑TCAACAGTCGGTTGCCGCT‑GGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCG‑ACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAGGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCAACGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCAAGaactgacgctt > 1:1946031/1‑280 (MQ=255) gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTA‑TCAACAGTCGGTTGCCGCT‑GGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCG‑ACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCg > 2:979848/1‑282 (MQ=255) gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTA‑TCAACAGTCGGTTGCCGCT‑GGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCG‑ACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTCACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTa > 1:202306/1‑289 (MQ=255) 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tGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTc > 2:1760403/1‑289 (MQ=255) tGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTc > 2:1656052/1‑289 (MQ=255) tGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTc > 1:498777/1‑289 (MQ=255) tGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTc > 1:1380342/1‑289 (MQ=255) ||| TCCCGCCTCCACCAGTCCTAAACTCGTGCTAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTA‑TCAACAGTCGGTTGCCGCT‑GGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCG‑ACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAACTATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCACTTTCGTTACACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAA > CP042583/662702‑663261 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |