| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 663,431 | 6 bp→CGACGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 663,431 | 0 | G | C | 99.5% | 433.1 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (92/94); total (92/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,432 | 0 | C | G | 100.0% | 440.8 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (92/95); total (92/95) | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,433 | 0 | T | A | 100.0% | 441.4 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (92/95); total (92/95) | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,434 | 0 | G | C | 98.9% | 436.2 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (92/93); minor base A (0/2); total (92/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,435 | 0 | C | G | 99.5% | 437.6 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (92/94); minor base A (0/1); total (92/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,436 | 0 | T | A | 99.5% | 442.8 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (92/94); minor base G (0/1); total (92/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
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cTCCGGAAAATGGAAGCGACGATTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCTCGAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATaaa < 2:651681/277‑1 (MQ=255) |||||| AAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATC‑TTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAAGCTACTGGACTCTGCCAGTATGAC‑AAATGCCTTCATACTACTTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAGGCTGCTTTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCAGCAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATT > CP042583/663165‑663706 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |