Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 664,733 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 664,733 | 0 | A | T | 99.6% | 527.3 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 664,734 | 0 | G | C | 100.0% | 526.7 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 664,735 | 0 | C | G | 99.6% | 524.0 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (126/97); minor base T (1/0); total (127/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
TAGTTGTGCATTGGAAGGCACCGTCACCCGACAAATCGTCCCTTCTGTAGGATACGGCAATATCAATATTGAACACCCCAGTGGTGCGCTCGACGTTCATTTAAGTAATGAAGGTCAGGATGCCACGACGTTACGCGCATCTGTTATTCGGACGACCAGAAAAATATTTTCCGGTGAAGTTTATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAAAGCTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCAGTATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTAGTGGTACCACCTGGCTGGTGTTCAGCGCGTTTA > CP042583/664453‑665012 ||| cATTGGAAGGCACCGTCACCCGACAAATCGTCCCTTCTGTAGGATACGGCAATATCAATATTGAACACCCCAGTGGTGCGCTCGACGTTCATTTAAGTAATGAAGGTCAGGATGCCACGACGTTACGCGCATCTGTTATTCGGACGACCAGAAAAATATTTTCCGGTGAAGTTTATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAAt > 1:1350053/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |