Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 682,937 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 682,937 | 0 | A | T | 99.3% | 636.7 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 682,938 | 0 | G | C | 99.3% | 621.7 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (132/135); minor base T (1/1); total (133/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 682,939 | 0 | T | A | 99.6% | 638.9 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (133/135); minor base C (0/1); total (133/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
CCTCATCATTTTGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATAGTATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTAAGTGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATAGCGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCAATATGCTGTTTATGGCGTTAATCGGCATTGTGCTGGCAAGCCTGGTCAACTTCTGGTTGAAAAGCGAAGCATTGAT > CP042583/682664‑683217 ||| ccTCATCATTTTGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCaaa > 1:1314968/1‑289 (MQ=255) cTCAGCATTTTGCAGTATCCTTACGGTATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATAGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCaa < 2:240217/287‑1 (MQ=255) aaGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGCTGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTACTCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGGGCTGATTCAAAAGTCTAGCGCAGGTGTAacggcg > 2:1672250/1‑289 (MQ=255) aaGATATTACTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGCCCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGTCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGCTCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAacgacg < 1:1531384/289‑1 (MQ=255) 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aTTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCAATATGCTGTTTATGGCGTTAATCGGCATTGTGCTGGCATCGCTGGTCAACTTCTGGTTGAAAAGCg < 1:844988/287‑1 (MQ=255) ggTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATTCGGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCAATATGCTGTTTATGGCGTTAATCGGCATTGTGCTGGCATCGCTGGTCAACTTCTGGTTGAAAAGCGAAGCa > 1:1860892/1‑289 (MQ=255) ||| CCTCATCATTTTGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATAGTATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTAAGTGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATAGCGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCAATATGCTGTTTATGGCGTTAATCGGCATTGTGCTGGCAAGCCTGGTCAACTTCTGGTTGAAAAGCGAAGCATTGAT > CP042583/682664‑683217 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |