Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 438,748 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 438,748 | 0 | A | T | 100.0% | 503.8 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 438,749 | 0 | G | C | 99.5% | 489.2 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (111/100); total (111/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 438,750 | 0 | T | A | 99.1% | 497.3 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (111/100); minor base C (0/2); total (111/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGAGTCTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTAGTCTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACAGCTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGTTTGCGGTCGCCGGGGTATGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGCGCTGATACCTGGAACGTGCT > CP042583/438471‑439031 ||| ggCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTTCACTGGTCGGGa > 1:404537/1‑289 (MQ=255) ggCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTGGGGCGATTTCACTGGTCGGGa > 2:920706/1‑289 (MQ=255) cGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTTCACTGGTCGGGATc > 1:1132310/1‑289 (MQ=255) gAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTTCACTGGTCGGGATCgg > 1:135727/1‑289 (MQ=255) 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ggTATGGCGATTTGGGCGATTTCACTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACTCGTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGTTTGCGGTCGCCGGGGTATGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGCGCt < 2:1811700/288‑1 (MQ=255) tGGGCGATTTCACTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACTCGTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTCTATTCTGTTTGCGGTCGCCGGGGTAGGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGCGCTGAGTCCTGGAACg > 2:123910/1‑289 (MQ=255) tGGGCGATTTCACTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACTCGTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGGTTGCGGTAGCCGGGGTATGTATTATTGCCCGTGCCAGTATTTCCTTCTGCGCTgtaccccggacag > 2:1264858/1‑277 (MQ=255) ||| GGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGAGTCTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTAGTCTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACAGCTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGTTTGCGGTCGCCGGGGTATGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGCGCTGATACCTGGAACGTGCT > CP042583/438471‑439031 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |