Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 683,783 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 683,783 | 0 | A | T | 100.0% | 434.5 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 683,784 | 0 | G | C | 100.0% | 430.9 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (98/84); total (98/84) | |||||||||||
* | CP042583 | 683,785 | 0 | T | A | 99.5% | 432.1 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (97/84); minor base C (1/0); total (98/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
AAAATATGCCTTATGGACGAGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAAAGTTACAGCCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGGATATTAAACGGTATATGGCTCATTACCGCTTTAGGTTTGGTGGCAACCGCAGGACTAGCCTGGGGAGCTAAGTATATCGAAATTACGGCAACCAAATATGATAGTCCACCAATGTATGTCGCCATAGGGTTATTATTACTTTGTATGTATGGCTTAAGTAAGGATATCAACAAGATAAATGCCGCCATCGCGGGCGTAATATATCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGT > CP042583/683503‑684059 ||| aaaaTATGACTTATGGACGAGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTAAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACAAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTGCAGCACGAGGCCAGGATATTAAACGGTATATGGCTCATTACCGCTTTAGGTTTGGTGGCAACCGCAGGACTAGCCTGGGGAGCTAAGTATATCGAAATTACGGCAACCAAATATGATTCAccacca < 1:1872960/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |