Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 684,143 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 684,143 | 0 | A | T | 99.2% | 553.7 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 684,144 | 0 | G | C | 99.2% | 554.2 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (124/109); minor base A (2/0); total (126/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 684,145 | 0 | T | A | 100.0% | 560.8 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (126/109); total (126/109) |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
CCATCGCGGGCGTAATATATCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGAGTGGCATTATCAGCCATGGAC‑GAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCGGCTTCTTTGGGATACTTGCCGCGATAGCTATAACGCTTGTCTGGCAAAGGCATACGCGTTTTTTTCATTAACCGTAAATGCACATACTAAAGAACTTAACTAAACTTCACATCGCCGCTTCATTTTTCGCCCGTAGCTTCTTCGCCTGGCTTT > CP042583/683865‑684422 ||| tCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGAC‑GAAATaa > 1:890510/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |