Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 460,464 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 460,464 | 0 | A | T | 99.6% | 632.9 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 460,465 | 0 | G | C | 99.6% | 623.8 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (125/142); minor base T (1/0); total (126/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 460,466 | 0 | C | G | 99.2% | 622.0 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (125/141); minor base A (1/1); total (126/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
TATCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATAGTTCTCTTGCCATTTTACCCTCCTTTTTAAGCTATGCGGAAAGTTATTTCAACCCGGCATTTTTATTAGAGAATGGCACATCCGTTGCT‑GATTTAAGCCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGG‑TAGCCAGGATATCGTATTTGAAAGCACAACAGAAAATACAGGTGATAAAAGTGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGCCTTAATAGCAGTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTA > CP042583/460189‑460742 ||| tCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATTCATCTCTTGCCATTTTACCCTCCTTTTTAAGCTATGCGGAAAGTTATTTCAACCCGGCATTTTTATTAGAGAATGGCACATCCGTTGCT‑GATTTATCGCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGG‑TTCGCAGGATATCGTATTTGAATCGACAACAGAAAATa < 1:896969/289‑1 (MQ=255) 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atCGTATTTGAATCGACAACAGAAAATACAGGTGATAAATCAGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGCCTTAATAGCAGTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTAGCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTcc > 2:1563003/1‑218 (MQ=255) atCGTATTTGAATCAACAACAGCAAATACAGGTGATAATTCAGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGCCTTAATAGCAGTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGCATTCCTGCtt < 2:666766/289‑1 (MQ=255) ||| TATCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATAGTTCTCTTGCCATTTTACCCTCCTTTTTAAGCTATGCGGAAAGTTATTTCAACCCGGCATTTTTATTAGAGAATGGCACATCCGTTGCT‑GATTTAAGCCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGG‑TAGCCAGGATATCGTATTTGAAAGCACAACAGAAAATACAGGTGATAAAAGTGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGCCTTAATAGCAGTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTA > CP042583/460189‑460742 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |