Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 689,895 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 689,895 | 0 | G | C | 99.2% | 536.6 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (120/114); total (120/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 689,896 | 0 | C | G | 99.6% | 540.4 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (119/114); minor base A (1/0); total (120/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 689,897 | 0 | T | A | 99.6% | 545.3 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (119/115); minor base C (1/0); total (120/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GCGGGTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTA‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGGCTACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTC > CP042583/689616‑690174 ||| ggTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTA‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATg > 1:526233/1‑289 (MQ=255) ggTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTA‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATg > 2:251115/1‑289 (MQ=255) ttCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTA‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGcgcc > 2:1013513/1‑289 (MQ=255) ttCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTA‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGcgcc > 1:484041/1‑289 (MQ=255) 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tGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTA‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTAc > 1:1174808/1‑289 (MQ=255) tGTCCTCGGCTCGCTGAATTTGCCGGATCGGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGACCAAAGTTG‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGGGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTc < 2:1817612/289‑1 (MQ=255) ggTCCTCCCTCCGCTGCATTTGCAGGACTGGCCAGTTCCCTCCGACATACCCCGGTACAAAGTTA‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGCCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTc < 2:827386/288‑1 (MQ=255) 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atctgccagatcCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTA‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCtt > 1:1967657/1‑287 (MQ=255) ccagatcCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTA‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCCTGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCGGCTTCGCTCCGCTGTTCCAGTAAAACCCCGACCCGCAGCTCGCTGGAg > 2:1418156/1‑289 (MQ=255) cacTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTA‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAgg > 1:1619422/3‑289 (MQ=255) 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gATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAAt > 1:1794612/1‑289 (MQ=255) gATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAAt > 1:154555/1‑289 (MQ=255) cGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCt < 2:1599846/288‑1 (MQ=255) cGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAg < 1:1472442/82‑1 (MQ=255) cGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAg > 2:1472442/1‑82 (MQ=255) aTGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTc < 1:1055681/288‑1 (MQ=255) ||| GCGGGTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTA‑GCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGGCTACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTC > CP042583/689616‑690174 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |