| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 460,884 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 460,884 | 0 | A | T | 99.6% | 564.7 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 460,885 | 0 | G | C | 99.6% | 565.8 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (117/120); minor base A (1/0); total (118/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 460,886 | 0 | T | A | 100.0% | 569.9 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (118/120); total (118/120) | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
GAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATAGTGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGTGAACTGGTAATGGGAGACGGCAATACAGGAAGTGATATTTTCGATGGCGTTGGATTTCGTGGTGTACGGCTTTATTCTTCTGATAATATGTATCCTGATAGCCAGCAAGGGTTTGCCCCAACGGTACGTGGGATTGCCCGTACGGCGGCCCAGCTAACGATTCGGCAAAATGGTTTTATTATCTATCAAAGCTATGTTTCCCCCGG > CP042583/460604‑461149 ||| gAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATTCGCCTGAACATAACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAg < 1:1857431/289‑1 (MQ=255) aGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAg > 1:1905665/1‑286 (MQ=255) tACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGaataa > 2:764169/1‑289 (MQ=255) tGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAg > 2:1185619/1‑274 (MQ=255) 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GAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATAGTGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGTGAACTGGTAATGGGAGACGGCAATACAGGAAGTGATATTTTCGATGGCGTTGGATTTCGTGGTGTACGGCTTTATTCTTCTGATAATATGTATCCTGATAGCCAGCAAGGGTTTGCCCCAACGGTACGTGGGATTGCCCGTACGGCGGCCCAGCTAACGATTCGGCAAAATGGTTTTATTATCTATCAAAGCTATGTTTCCCCCGG > CP042583/460604‑461149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |