Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 697,740 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 697,740 | 0 | A | T | 98.8% | 603.3 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (137/117); minor base G (1/2); total (139/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 697,741 | 0 | G | C | 99.6% | 605.7 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (138/118); minor base T (0/1); total (139/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 697,742 | 0 | T | A | 99.2% | 609.7 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (138/118); minor base C (1/1); total (139/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TTATTCCCCGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCA > CP042583/697465‑698021 ||| aTTCCCCGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGc < 1:39450/289‑1 (MQ=255) 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< 1:1371825/286‑1 (MQ=255) tggGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTgg < 1:1234543/288‑1 (MQ=255) tggGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGa > 1:374227/1‑289 (MQ=255) cTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCa > 2:163284/1‑289 (MQ=255) cTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCa > 1:1171273/1‑289 (MQ=255) cTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTCGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCa > 1:1495130/1‑289 (MQ=255) ||| TTATTCCCCGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCA > CP042583/697465‑698021 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |