Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 699,596 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 699,596 | 0 | A | T | 99.5% | 479.9 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (102/105); total (103/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 699,597 | 0 | G | C | 99.0% | 477.2 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (101/104); total (103/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 699,598 | 0 | C | G | 99.0% | 473.4 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (101/105); total (103/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
AACAAGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATAGTCATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACAGCCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGC‑CGTTCCACGGTCGCGACAGCC‑GCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGC > CP042583/699324‑699877 ||| aaCAAGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTTAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCg > 1:1741922/1‑289 (MQ=255) aCAAGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGGCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGAGTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCAGTGGCGCGAAATAACTCGCATCAAATCGGCCGt > 1:456143/1‑289 (MQ=255) gacgCGAAATAAGTTGCCAATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGATCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTACCAATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGCTCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCCGAACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTAt < 2:1023056/284‑1 (MQ=255) gAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTa < 1:924526/288‑1 (MQ=255) gAAATTAGTGGCCGTTAATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGTCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCACTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTa < 2:1160490/288‑1 (MQ=255) aaTTAGTGGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGTCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCAACTGCAAATTAACCATCAGGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACt < 1:1883506/288‑1 (MQ=255) aaTGAGTTGCCGTTCATTTAATCGCGGCAAACCGGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACt < 2:1621756/288‑1 (MQ=255) aGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCg < 1:1910899/289‑1 (MQ=255) tGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGa < 1:242797/288‑1 (MQ=255) tGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGAATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAg < 2:328722/289‑1 (MQ=255) tttAATCGCGGGCAACCTGTCAGGGCAGGATTACCCTGGTTTTTGCATGATCCCAAGCTGTGTACGCTCCTTGAGACAGGGGCACCCGCAAATTACCCATCATGCCAAAAACGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGGTCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGGACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCa < 2:456143/289‑1 (MQ=255) acggcgGCAATCCTGGTCAGACATGGTTGACATGCTGTTGGCGTAGTCCGAAGCTAAGTACGCTCGTAGAGTCAGGGGCACATGCAAATAAACCAGCATGCCAAAGCCGTTCAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGAGCGATCGCGATCGCGCATTTAGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGAATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATGGCCGCCGTGGCGCTACATGACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGGGgcgg < 2:787729/286‑1 (MQ=255) cgGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTTGGGATTGAGAAAGCGCATCCGGCCGGTATTGCCGCCCGGGCGCCACATAACTCGCCTCATACCGGCCGCATCGGTTCCTTGGCGGCGCAGTGTGCCGAGGCggg > 2:1761229/1‑289 (MQ=255) aaCCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTg < 2:1834602/289‑1 (MQ=255) cAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTa < 1:874451/288‑1 (MQ=255) acATGGCATTCGCATTCTCCCAATCTATGTACGACACTGGAGGCAGGGGACCGTGCAAATGATCCAGCATGCCAAAACCGTTAACGAGGCGGGGGCGGCGGTGTCCGTCGATGGCGATCGCGCATGTGGTCAGGTAGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGAATTGAGAAAGCGCATCAGCACTGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGc < 2:1066624/288‑1 (MQ=255) gTATTGGCATGATCCCAAGCTCTGTACCCTCCTGGAGTCAGGGGAACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGt < 2:204845/289‑1 (MQ=255) tATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGt < 1:48050/260‑1 (MQ=255) tATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTCTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGt < 1:1818476/288‑1 (MQ=255) tATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGAGCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCTATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGt < 1:595038/288‑1 (MQ=255) aTTGGCAGACTCCCAAGCTATGTAAGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCGGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGTCg < 2:1581204/289‑1 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGTCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGGGGAGCGGCGGGGTTTGTATCTATCCACTTTGGTCGC‑G‑TGGTCGGTATTCCaa > 1:378783/1‑289 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAg > 2:1208748/1‑231 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAg < 1:1208748/231‑1 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCa > 1:1017803/1‑263 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGTCGGTATTCCaa > 1:1400141/1‑289 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTAATGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGGGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGGTAGC‑G‑TGGTCGGTAGTccca > 1:311576/1‑287 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCCATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATTACGGCCGGAACGGTTACTGGGCGGCGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCCCTGTCCACTTTGGTAGC‑C‑GTGTCGGTGTTccca > 2:1667367/1‑287 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGAGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGGTTGTCCTCAACCACTTTGTTAGC‑C‑TGGTTGGGATTGCaa > 2:840828/1‑289 (MQ=255) cccAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGt < 1:70661/276‑1 (MQ=255) tATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGTCGGTATTCCAATGGTcgcg < 1:1792399/288‑1 (MQ=255) aTGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGc‑c > 1:123962/1‑289 (MQ=255) tGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGt < 2:1308439/267‑1 (MQ=255) tGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGt > 1:1308439/1‑267 (MQ=255) tGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGC‑Cg > 1:27846/1‑289 (MQ=255) tGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGGGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTTCGGGGCGGTGCAGTGGTCAGCGGCGGGTGTTGGCGTTTTCCACGTCGTT‑GC‑GCTGGGCGGTATTCCTCAGGTCTCGc‑c > 2:1565260/1‑288 (MQ=255) gTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGGTTGGTTCTATCCACTTTGTTATC‑G‑TGGGCGGGATTCCaactggttcttata > 2:70661/1‑277 (MQ=255) 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gTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGC‑CGTTCCACGGTCGCGACCGCC‑GCTTTGGCACCCATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCCCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCCGGTTGCCTGATTGagt > 2:63411/1‑287 (MQ=255) gTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGC‑CGTTCCACGGTCGCGACAGCC‑GCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGa < 1:1712155/283‑1 (MQ=255) gTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGC‑CGTTCCACGGTCGCGACAGCC‑GCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGa > 2:1712155/1‑283 (MQ=255) gTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGC‑CGTTCCACGGTCGCGACAGCC‑GCTTTGGCACCAATCCGTTCGGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCCCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACg > 1:1226251/1‑289 (MQ=255) ||| AACAAGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATAGTCATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACAGCCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGC‑G‑TGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGC‑CGTTCCACGGTCGCGACAGCC‑GCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGC > CP042583/699324‑699877 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |