Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 702,899 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 702,899 | 0 | G | C | 99.4% | 407.3 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 702,900 | 0 | C | G | 100.0% | 415.7 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (82/94); total (82/94) | |||||||||||
* | CP042583 | 702,901 | 0 | T | A | 100.0% | 412.0 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (82/94); total (82/94) |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TCATCATTTTGCTCAACTTCATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCGCTCTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAG‑‑GTGA‑TGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTCAAAATCACGGGTGATTTGCAGCGTATCAAAGGCGTAAATTGCGAAGGTATCCGTCTGACCATTGGCGTTTGCGCCGTTGCGCGTCAGGCCGCCGGGATGAATGCTGCTGTCAGGATGATAAATATTTACCGCG > CP042583/702621‑703178 ||| tcatcaTTTTGCTCAACTTCATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCgg > 2:236973/1‑289 (MQ=255) 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cgcgGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTgg > 2:1580478/1‑288 (MQ=255) cggTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCGGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGATATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCTCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTCGTGAACGGAGAACCTTTTGTCACACCAGTTGGGCAG‑‑Gt > 2:249077/1‑289 (MQ=255) aGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAG‑‑GTGA‑Tg > 1:336578/1‑288 (MQ=255) 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TCATCATTTTGCTCAACTTCATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCGCTCTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAG‑‑GTGA‑TGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTCAAAATCACGGGTGATTTGCAGCGTATCAAAGGCGTAAATTGCGAAGGTATCCGTCTGACCATTGGCGTTTGCGCCGTTGCGCGTCAGGCCGCCGGGATGAATGCTGCTGTCAGGATGATAAATATTTACCGCG > CP042583/702621‑703178 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |