Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 461,901 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 461,901 | 0 | A | T | 99.3% | 651.3 / ‑3.6 | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 461,902 | 0 | G | C | 99.3% | 641.0 / ‑6.3 | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (152/121); total (154/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 461,903 | 0 | C | G | 99.3% | 643.9 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (150/121); minor base T (2/0); total (154/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
CCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTAGCGATAGTGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTT‑ATAG‑CCTCAGTTTTAGCTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTAGTGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCAGCAATAATGGGTACACGGGCAGCGCCACGGCAAACTGGCAGGCCGCTTACG > CP042583/461629‑462189 ||| cTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTT‑ATTC‑GCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAg > 2:837008/1‑289 (MQ=255) 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CCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTAGCGATAGTGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTT‑ATAG‑CCTCAGTTTTAGCTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTAGTGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCAGCAATAATGGGTACACGGGCAGCGCCACGGCAAACTGGCAGGCCGCTTACG > CP042583/461629‑462189 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |