| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 726,016 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 726,016 | 0 | G | C | 99.3% | 668.8 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (155/127); total (157/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 726,017 | 0 | C | G | 99.3% | 656.6 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (153/127); total (157/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 726,018 | 0 | T | A | 99.3% | 661.7 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (155/125); minor base G (1/1); total (157/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
CCTGAATCAGCGGCACGCGGATAATGATTTTTTTGCCCGCTGCGGCGAGTTTTTTCAGGTTATCCAGCACTCTGGCGGCGTTACCGTCGGTCCACTGTTTAAACGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATCGGCAAGA‑AACAGATCGATATAGGGCAGAGAAGGGGCGATATATTTCCACGGCACATGCAGACAGGTTTCTACCGCAGTATGAATGCCTGCCTCGTGGCTGGCTTGCAGTAGCGCCATCGCCATTTCCGGCTGCATAAAGGGCTCACCACCGCTA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGTCGTCATGATCTCCTCAACGCTTTTCACTTCACCACACACGGTTAATGCCTGTGTCGGACAGCAGTCGGTTAACGCCGTCAGATGCTCCGGGGTTAACTTTTCCCGATGAATAAGCAAACCATTCAGCGCGCGCTCAATCACTTCCGGCGCGGCCTTAGCGCACAGCTCGCAGCCTTCCAGACACAGTCGTGCGTCATACAGCAGATCCTGCGTGCGGGCGCGGCT > CP042583/725736‑726297 ||| cgcgGATAATGATTTTTTTGCCCGCTGCGGCGAGTTTTTTCAGGTTATCCAGCACTCTGGCGGCGTTACCGTCGTTCCACTGTTTAAACGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATCGGCAAGA‑AACAGCTCGATATAGGGCAGAGCATGTGCGACATATTTCTACGGCACCTGCAGACAGGTTGCTACCGCAGTATGAATGCCTGCCGCGTGGCTGGCTTCCTGTAGCTCCATCGCCAGTTCCGGCTCCACAAAGCGTGTACC‑CCGCGACAGCGTTAAAccgccgcccc > 2:1408970/1‑286 (MQ=255) ttttGCCCGCTGCGGCGAGTTTTTTCAGGTTATCCAGCACTCTGGCGGCGTTACCGTCGGTCCACTGTTTAAACGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATCGGCAAGA‑AACAGATCGATATAGGGCAGAGAAGGGGCGATATATTTCCACGGCACATGCAGACAGGTTTCTACCGCAGTATGAATGCCTGCCTCGTGGCTGGCTTGCAGTAGCGCCATCGCCATTTCCGGCTGCATAAAGGGCTCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAACCgg > 1:343873/1‑289 (MQ=255) cccGCTGCGGGTATGTTTTTCAGGTTATCCAGCACTCTTGCGGCGTTACCGTCGGTCCACTGTTTAAACGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATCGGCAAGA‑AACAGATCGATATAGGGCAGAGAAGGGGCGATATATTTCCACGGCACATGCAGACAGGTTTCTACCGCAGTATGAATGCCTGCCTCGTGGCTGGCTTGCAGTAGCGCCATCGCCATTTCCGGCTGCATAAAGGGCTCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTa < 2:1045968/288‑1 (MQ=255) ggatttttgtCAGGTTATCCAGCACTCTGGCGGCGTTACCGTCGGTCCACTGTTTAACCGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATAGGCAAGA‑AACAGATCGATATAGGGCAGAGAAGGGGCGATATATTTCCACGGCACATGCAGACAGGTTTCTACCGCAGTATGAATGCCTGCCTCGTGGCTGGCTTGCAGTAGCGCCATCGCCAATTCCGGCTGCATAAAGGGCTCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGaa < 2:114220/284‑1 (MQ=255) tttttCAGGTTATCCAGCACTCTGGCGGCGTTACCGTCGGTCCACTGTTTAAACGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATCGGCAAGA‑AACAGATCGATATAGGGCAGAGAAGGGGCGATATATTTCCACGGCACATGCAGACAGGTTTCTACCGCAGTATGAATGCCTGCCTCGTGGCTGGCTTGCAGTAGCGCCATCGCCATTTCCGGCTGCATAAAGGGCTCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGgtcg < 1:658473/289‑1 (MQ=255) cAGGTTATCCAGCACTCTGGCGGCGTTACCGTCGGTCCACTGTTTAAACGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATCGGCAAGA‑AACAGATCGATATAGGGCAGAGAAGGGGCGATATATTTCCACGGCACATGCAGACAGGTTTCTACCGCAGTATGAATGCCTGCCTCGTGGCTGGCTTGCAGTAGCGCCATCGCCATTTCCGGCTGCATAAAGGGCTCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGTCGTCATg < 1:1309081/289‑1 (MQ=255) ggTTATCCAGCACTCTGGCGGCGTTACCGTCGGTCCACTGTTTAAACGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATCGGCAAGA‑AACAGATCGATATAGGGCAGAGAAGGGGCGATATATTTCCACGGCACATGCAGACAGGTTTCTACCGCAGTATGAATGCCCGCCTCGTGGCTGGCTTGCAGTAGCGCCATCGCCATTTCCGGCTGCATAAAGGGCTCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCCTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGTCGTCACGa > 1:1377241/1‑288 (MQ=255) gTTATCCAGCACTCTGGCGGCGTTACCGTCGGTCCACTGTTTAAACGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATCGGCAAGA‑AACAGATCGATATAGGGCAGAGAAGGGGCGATATATTTCCACGGCACATGCAGACAGGTTTCTACCGCAGTATGAATGCCTGCCTCGTGGCTGGCTTGCAGTAGCGCCATCGCCATTTCCGGCTGCATAAAGGGCTCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGTCGTCATGa > 1:1241217/1‑287 (MQ=255) tCCAGCACTCTGGCGGCGTTACCGTCGGTCCACTGTTTAAACGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATCGGCAAGA‑AACAGATCGATATAGGGCAGAGAAGGGGCGATATATTTCCACGGCACATGCAGACAGGTTTCTACCGCAGTATGAATGCCTGCCTCGTGGCTGGCTTGCAGTAGCGCCATCGCCATTTCCGGCTGCATAAAGGGCTCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGTCGTCATgctggc > 1:909081/1‑282 (MQ=255) aCTCTGGCGGCGTTACCGTCGGTCCACTGTTTAAACGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATCGGCAAGA‑AACAGATCGATATAGGGCAGAGAAGGGGCGATATATTTCCACGGCACATGCAGACAGGTTTCTACCGCAGTATGAATGCCTGCCTCGTGGCTGGCTTGCAGTAGCGCCATCGCCATTTCCGGCTGCATAAAGGGCTCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGTCGTCATGATCTCCTCAAc > 1:1247800/1‑287 (MQ=255) 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cTCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGTCGTCATGATCTCCTCAACGCTTTTCACTTCACCACACACGGTTAATGCCTGTGTCGGACAGCAGTCGGTTAACGCCGTCAGATGCTCCGGGGTTAACTTTTCCCGATGAATAAGCAAACCATTCAGCGCGCGCTCAATCACTTCCGGCGCGGCCTTAGCGCACAGCTCGCAGCCTTCCAGACACAGTCGTGCGTCATACAGCAGATCCTGCGTGCGGGcgcg < 2:1536429/288‑1 (MQ=255) tCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGTCGTCATGATCTCCTCAACGCTTTTCACTTCACCACACACGGTTAATGCCTGTGTCGGACAGCAGTCGGTTAACGCCGTCGGATGCTCCGGGGTTAACTTTTCCCGATGAATAAGCAAACCATTCAGCGCGCGCTCAATCACTTCCGGCGCGGCCTTAGCGCACAGCTCGCAGCCTTCCAGACACAGTCGTGCGTCATACAGCAGATCCTGCGTGCGGGcgcg > 1:1566555/1‑287 (MQ=255) tCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGTCGTCATGATCTCCTCAACGCTTTTCACTTCACCACACACGGTTAATGCCTGTGTCGGACAGCAGTCGGTTAACGCCGTCAGATGCTCCGGGGTTAACTTTTCCCGATGAATAAGCAAACCATTCAGCGCGCGCTCAATCACTTCCGGCGCGGCCTTAGCGCACAGCTCGCAGCCTTCCAGACACAGTCGTGCGTCATACAGCAGATCCTGCGTGCGGGcgcg > 1:148462/1‑287 (MQ=255) tCACCACCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGAAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGACGTCATGATCTCCTCAACGCTTTTCACTTCACCACACACGGTTAATGCCTGTGTCGGACAGCAGTCGGTTAACGCCGTCAGATGCTCCGGGTTTAACTTTTCCCGATGAATAAGCAAACCATTCAGCGCGCGCTCAATCACTTCCGGCGCGGCCTTAGCGCACAGCCCGCAGCCTTCCAGACACACTCGTGCGTCATACAGCAGATCCCGCGTGCGGGCGAGGc > 2:77576/1‑289 (MQ=255) caccacCCGAA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGTCGTCATGATCTCCTCAACGCTTTTCACTTCACCACACACGGTTAATGCCTGTGTCGGACAGCAGTCGGTTAACGCCGTCAGATGCTCCGGGGTTAACTTTTCCCGATGAATAAGCAAACCATTCAGCGCGCGCTCAATCACTTCCGGCGCGGCCTTAGCGCACAGCTCGCAGCCtt > 2:1852600/1‑240 (MQ=255) ||| CCTGAATCAGCGGCACGCGGATAATGATTTTTTTGCCCGCTGCGGCGAGTTTTTTCAGGTTATCCAGCACTCTGGCGGCGTTACCGTCGGTCCACTGTTTAAACGGCGCGTCGGCAACGTGTTTTAAATCGGCAAGA‑AACAGATCGATATAGGGCAGAGAAGGGGCGATATATTTCCACGGCACATGCAGACAGGTTTCTACCGCAGTATGAATGCCTGCCTCGTGGCTGGCTTGCAGTAGCGCCATCGCCATTTCCGGCTGCATAAAGGGCTCACCACCGCTA‑AGCGTTAAACCGCCGCCGCTGCGATCGTAAAACGGTTTATCGCGCAGAACGGTCGTCATGATCTCCTCAACGCTTTTCACTTCACCACACACGGTTAATGCCTGTGTCGGACAGCAGTCGGTTAACGCCGTCAGATGCTCCGGGGTTAACTTTTCCCGATGAATAAGCAAACCATTCAGCGCGCGCTCAATCACTTCCGGCGCGGCCTTAGCGCACAGCTCGCAGCCTTCCAGACACAGTCGTGCGTCATACAGCAGATCCTGCGTGCGGGCGCGGCT > CP042583/725736‑726297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |