| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 726,557 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 726,557 | 0 | A | T | 99.5% | 478.6 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 726,558 | 0 | G | C | 99.5% | 475.3 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (107/99); minor base T (1/0); total (108/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 726,559 | 0 | T | A | 99.5% | 487.7 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (108/99); minor base G (0/1); total (108/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
ATCCTGCGTGCGGGCGCGGCTTTCCGGGTTCTGACACCAGCGGCAGCCCAGGCTACAGCCTTTAAGAAATACGACCGTGCGGATACCGGGGCCATCATGGGTGCTGTAGCGCTGAATATTGAAAATCATAGTTGCCTCTCTATTTCGTTCAAGCATTAAAATACTTTCGAATGAAAGTTAGATTGATGTGCGTCAACTGTTCAGAGAGTTTTCCCGTGATAGTCTACATTCAGACAAAAAGTACATTTTGAGGATGGTTATGGAACTGTATCTGGATACTAGTGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGAGTCGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAA > CP042583/726277‑726833 ||| aTCCTGCGTGCGGGCGCGGCTTTCCGGGTTCTGACACCAGCGGCAGCCCAGCGAACAGCCTTTAAGAAATACGACCGTGCGGATACCGGGGCCATCATGGGTCGAGTAGCGCTGAATATTGAAAATCATAGTTGCCTCTCTATTTCGTTCAAGCATTAAAATACTTTCGAATGAAAGTTAGATTGATGTGCGTCAACTGTTCAGAGAGTTTTCCCGTGATAGTCTACATGCAGACAAAAAGTACATTTTGAGGATGGTTATGGAACTGTATCTGGATACTTCAGACgtt > 1:1970476/1‑289 (MQ=255) 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ATCCTGCGTGCGGGCGCGGCTTTCCGGGTTCTGACACCAGCGGCAGCCCAGGCTACAGCCTTTAAGAAATACGACCGTGCGGATACCGGGGCCATCATGGGTGCTGTAGCGCTGAATATTGAAAATCATAGTTGCCTCTCTATTTCGTTCAAGCATTAAAATACTTTCGAATGAAAGTTAGATTGATGTGCGTCAACTGTTCAGAGAGTTTTCCCGTGATAGTCTACATTCAGACAAAAAGTACATTTTGAGGATGGTTATGGAACTGTATCTGGATACTAGTGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGAGTCGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAA > CP042583/726277‑726833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |