| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 735,093 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 735,093 | 0 | A | T | 99.1% | 532.1 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (120/110); minor base C (2/0); total (122/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 735,094 | 0 | G | C | 98.7% | 516.3 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (119/108); total (122/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 735,095 | 0 | C | G | 99.6% | 541.8 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (120/110); minor base A (1/0); total (122/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCTGGATCGCTCCCTATGACGCCGAAAATTATTTTGATTATGACAATCTGAATAACGGACCTTCTTTGCAGCACTGGTTTGGCGTCGATAGTCTGGGGCGTGACATTTTCAGCCGTGTCCTGGTTGGTGCGCAAATCAGCCTGGCGGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATT > CP042583/734813‑735371 ||| gtTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCTGGATCGCTCCCTATGACGCCGAAAATTATTTTGATTATGACAATCTGAATAACGGACCTTCTTTGCAGCACTGGTTTGGCGTCGATTCACTGGGGCGTGACATTTTCAGCCGTGTCCTGGTTGGTGCGCAAATCTCGCTGgcggcg > 2:1143224/1‑289 (MQ=255) 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tGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCTGGATCGCTCCCTATGACGCCGAAAATTATTTTGATTATGACAATCTGAATAACGGACCTTCTTTGCAGCACTGGTTTGGCGTCGATTCACTGGGGCGTGACATTTTCAGCCGTGTCCTGGTTGGTGCGCAAATCTCGCTGGCGGCGGGCGTGTTTGCCGTGtt > 1:1000825/1‑289 (MQ=255) cAACCCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCTGGATCGCTCCCTATGACGCCGAAAATTATTTTGATTATGACAATCTGAATAACGGACCTTCTTTGCAGCACTGGTTTGGCGTCGATTCACTGGGGCGTGACATTTTCAGCCGTGTCCTGGTTGGTGCGCAAATCTCGCTGGCGGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTAt < 1:241398/288‑1 (MQ=255) aCCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCTGGATCGCTCCCTATGACGCCGAAAATTATTTTGATTATGACAATCTGAATAACGGACCTTCTTTGCAGCACTGGTTTGGCGTCGATTCACTGGGGCGTGACATTTTCAGCCGTGTCCTGGTTGGTGCGCAAATCTCGCTGGCGGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTATCGGTgcggc > 1:1289172/1‑289 (MQ=255) 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cGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCTGGATCGCTCCCTATGACGCCGAAAATTATTTTGATTATGACAATCTGAATAACGGACCTTCTTTGCAGCACTGGTTTGGCGTCGATTCACTGGGGCGTGACATTTTCAGCCGTGTCCTGGTTGGTGCGCAAATCTCGCTGGCGGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGtt > 2:344698/1‑286 (MQ=255) cGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCTGGATCGCTCCCTATGACGCCGAAAATTATTTTGATTATGACAATCTGAATAACGGACCTTCTTTGCAGCACTGGTTTGGCGTCGATTCACTGGGGCGTGACATTTTCAGCCGTGTCCTGGTTGGTGCGCAAATCTCGCTGGCGGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCt < 1:590089/289‑1 (MQ=255) gTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTCTTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCTGGATCGCTCCCTATGACGCCGAAAATTATTTTGATTATGACAATCTGAATAACGGACCTTCTTTGCAGCAATGGTTTGGCTTCGATTCACTGGGGCGTGCCATTTTCAGCCGTTTCCTGGTTGGTGCGCAAATCCTACTTGCGGCGGGCATGTTTGCCGTGTTTACCGGTTCGGCGTTCGGGagcgtcgtg > 2:1706539/1‑281 (MQ=255) 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tGCGCAAATCTCGCTGGCGGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCCGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTAtt > 1:1546703/1‑289 (MQ=255) tGCGCAAATCTCGCTGGCGGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGGATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCCTTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCCTTTTTTTCATTCCCGCGTTTGCCCGCTTGGTGCGGGGCAACCTGCTGGTGTTGAACCCACAAACGGTTAtg > 2:967866/1‑288 (MQ=255) ||| GGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCTGGATCGCTCCCTATGACGCCGAAAATTATTTTGATTATGACAATCTGAATAACGGACCTTCTTTGCAGCACTGGTTTGGCGTCGATAGTCTGGGGCGTGACATTTTCAGCCGTGTCCTGGTTGGTGCGCAAATCAGCCTGGCGGCGGGCGTGTTTGCCGTGTTTATCGGTGCGGCGATCGGGACGTTGCTGGGCTTGCTCGCTGGATATTATGAAGGCTGGTGGGATCGGCTGATCATGCGCATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATT > CP042583/734813‑735371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |