Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 735,480 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 735,480 | 0 | A | T | 100.0% | 521.9 / NA | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 735,481 | 0 | G | C | 99.6% | 516.9 / ‑5.7 | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (111/109); minor base T (1/0); total (112/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 735,482 | 0 | C | G | 99.6% | 518.1 / NA | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (112/108); minor base A (0/1); total (112/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGAGTGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCAGCATTATCTCTGCCGCCAGCCTCAGTTTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAATTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAG > CP042583/735211‑735756 ||| tgCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCa > 1:1920366/1‑288 (MQ=255) tgCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCa > 1:1003235/1‑288 (MQ=255) tgCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAAAACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCa > 1:1478600/1‑288 (MQ=255) tttGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTct < 2:786430/289‑2 (MQ=255) tGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTctca > 2:1813467/1‑286 (MQ=255) cTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTTTTGAAACAGCAAACCTTTATTTAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCCCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGGACGTCGATTATCTCTGCCGCCAGccccccatt > 1:633070/1‑281 (MQ=255) cTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTctcatt > 1:110975/1‑283 (MQ=255) tATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGGGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCt < 2:25544/288‑1 (MQ=255) gCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAg > 1:182569/1‑288 (MQ=255) gCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTCTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTCCTCGTCCTCGGTCCCCAg > 2:227981/1‑288 (MQ=255) tgtcTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAgccgcc < 1:79726/286‑1 (MQ=255) tggttgttgtTGGGGGGTTGGGAAGAGGCGTTGCTAACGTGGTTATTGGGGGCGCCATTTTTTCTGTCCCCGGGTTTGCCCGCGTGGTGCGCGGCAGCACGCTGGTGTTGAAACAGGAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCAGTTGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAgccgc < 2:130635/284‑1 (MQ=255) cGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAgccgcc > 2:1014267/1‑288 (MQ=255) ttgCGGGGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCaga < 2:695654/289‑1 (MQ=255) tgCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCaga < 1:1272461/288‑1 (MQ=255) gCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACAccc > 2:1882230/1‑284 (MQ=255) gCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCa < 1:1882230/285‑1 (MQ=255) ttGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGGGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAg < 2:456809/289‑1 (MQ=255) tGGGAAGCGGTATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCCTCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGGCCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAg < 2:836626/288‑1 (MQ=255) cGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTgccgc < 2:178077/228‑1 (MQ=255) cGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAgccgcc > 1:911496/1‑264 (MQ=255) cGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTc > 1:223747/1‑289 (MQ=255) cGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCCGCCGCGGTCCGCAGCCCCCGACACCAGAGTGGGGACCCATGCt > 2:735277/1‑288 (MQ=255) cGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGGTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTTTGCCTCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACCCCTGGGCGGGGAgaacggct > 2:1421140/1‑281 (MQ=255) cGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCCCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCCGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTTCGCAGCCGCCCACACCAGAGTGGGGCGCACTGCt > 2:1689988/1‑288 (MQ=255) 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gTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCCATGAGGCTCGa > 2:1233784/1‑288 (MQ=255) gTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAg < 2:110975/289‑1 (MQ=255) ttGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGatat < 1:1719160/289‑1 (MQ=255) 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TGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGAGTGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCAGCATTATCTCTGCCGCCAGCCTCAGTTTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAATTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAG > CP042583/735211‑735756 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |