| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 463,013 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 463,013 | 0 | A | T | 99.4% | 406.2 / NA | 173 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 463,014 | 0 | G | C | 100.0% | 407.3 / NA | 173 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (76/97); total (76/97) | |||||||||||
| * | CP042583 | 463,015 | 0 | T | A | 99.4% | 411.5 / ‑4.6 | 173 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (76/96); minor base G (0/1); total (76/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTAGCGCAGTTTGCACACATCCTGGCAGTTAAAGGAAATTATCAATAAGATAATCTGCAGATTATTATTGGCGATGGCATGTTTGTGTCTGGCAAACATATCCTGGGCTACTGTTTGTGCAAATAGTACTGGCGTAGCAGAAGATGAACACTATGATCTCAGTAATATCTTTAATAGCACCAATAACCAGCCAGGGCAGATTGTTGTTTTACCGGAAAAATCCGGCTGGGTAGGTGTCAGTGCAATTTGTCCACCCGGTACGCTGGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTAGCCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTC > CP042583/462734‑463280 ||| tGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTTCGGCAGTTTGCACACATCCTGGCTCATAAAGGAAATTATCAATAAGATAATCTGCAGATTATTATTGGCGATGGCATGTTTGTGTCTGGCAAACATATCCTGGGCTACTGTTTGTGCAAATAGTACTGGCGTAGCAGAAGATGAACACTATGATCTCTCAAATATCTTTAATAGCACCAATAACCAGCCAGGGCAGATTGTTGTTTTACCGGAAAAATCCGGCTGGGTAGGTGTCTCAGCAAttt > 1:990512/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |