Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 739,459 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 739,459 | 0 | A | T | 99.4% | 418.5 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 739,461 | 0 | T | A | 99.4% | 421.4 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (78/99); minor base G (1/0); total (79/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
AAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAGCATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATAGTAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCACCCGGCTTAACGTTGGTTTCACCATTGAGATAAACCGCGCCGTCGATTTCCGGTGCATCTGCC > CP042583/739183‑739730 ||| aaaGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTATCGATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATTCAAATGAATGTc < 2:1708046/289‑1 (MQ=255) 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tgtAGCACATTCAAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCACCCGGCTTAACGTTGGTTTCACCa > 1:581398/1‑243 (MQ=255) ||| AAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAGCATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATAGTAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCACCCGGCTTAACGTTGGTTTCACCATTGAGATAAACCGCGCCGTCGATTTCCGGTGCATCTGCC > CP042583/739183‑739730 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |