| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 743,978 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 743,978 | 0 | A | T | 100.0% | 515.0 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 743,979 | 0 | G | C | 99.5% | 504.8 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (98/118); total (99/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 743,980 | 0 | C | G | 100.0% | 515.0 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (99/119); total (99/119) | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CGCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTAGTAGC‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTAGCGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGAGTTTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAG‑ACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATGTGCCGGAAGAGTACGCCATTCATAAAGAGAAAGAGTTCACCT > CP042583/743698‑744254 ||| cgcgGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCa < 1:1452247/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |