| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 747,404 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 747,404 | 0 | A | T | 97.3% | 413.9 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (77/101); minor base C (4/1); total (81/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,405 | 0 | G | C | 99.5% | 416.3 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (79/102); total (81/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,406 | 0 | C | G | 97.8% | 405.9 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (75/102); total (81/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑AGCCGCCGCACCG‑TACG‑TAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑AGTAGCCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCT > CP042583/747127‑747680 ||| tCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCAc < 1:1632927/288‑1 (MQ=255) aTGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAACCTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACcg‑tacg‑ttcgctga < 1:997744/289‑8 (MQ=255) ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGggcgg > 1:679967/1‑289 (MQ=255) cACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACGGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGggcgg < 1:1942174/288‑1 (MQ=255) gcgTATAGGCGGTAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGGGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 1:940429/289‑1 (MQ=255) gcgTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 2:679967/289‑1 (MQ=255) gTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGc < 2:1174223/288‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1195608/288‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1040878/288‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1561457/288‑1 (MQ=255) aaactgtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGGGCTGGCGCTGGGGTTCGTTTGGCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCCCTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCCGCTGGGCCGCTATGAATCTGGCTTGCTGCATGTGCCTATTTTCAGGGCGTTCATTTCTGGGTTCTTGTCTTTAGCGCGTCTGACC‑TCCTGCCGGACCGTTCCT‑TTGCCT‑CCTATTTTGGGGTGCTGGACGGTTATGATTg > 2:1494145/10‑289 (MQ=255) aaactgtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATTGGCGGCTGGCCGATTATGATTg > 1:1957616/10‑289 (MQ=255) gtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCCGGGCGTTAATTTCGGGTTACTGGCTGTTAGCGCGTTTGACC‑CCGCGCCTCACCG‑TACGTTTGCGTG‑GTATTATTGGCGGCGGGCCGACTAtggttggtgtt > 2:519521/5‑286 (MQ=255) gacacTGAGAGAACTGTGTGGTGACGATAGGCTGGTGCTGAAGAGCGGCTGGTTTGTGGCGGGGGCGCGGGCTCTTGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGTGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTCCCGGCGAGCAGTTGGGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTa < 2:1117058/285‑1 (MQ=255) tCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGc < 1:1347599/288‑1 (MQ=255) tCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa > 1:1152331/1‑289 (MQ=255) 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aaGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCCGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTTAGCAGCCATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTTGCGCGTCTTACC‑TCTCGCCGCCCCG‑TGCG‑GTCGGTGTGTATTTTGGGTGGCTGGCCGGTTATGGTTGGTCTCTTTGTCGCTGCTTGGGCGACGGTTTTc > 2:1445835/1‑288 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTTGGATTCGTTAGTCTGCCGTTTCTGGCGGGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTTCTGCAAGTGCCCATTTTTGGGGCGTTAATTTCGGGTAACTTGCTGTTTGCGCGTTTGACCTCGCCG‑CGCACCC‑TACG‑TTCGCTGGTTATTATTGGCGGGTGGCCGGTTGTGATTGGTCTCTTTGTCGCTTGTGCCGGAACGGTTATctcctcgg > 2:279434/1‑281 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgc > 1:1769052/1‑281 (MQ=255) 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ggggTTAGTTGCGGGTAACTTGCTGGTGGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCAACG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTAc < 2:1373994/285‑1 (MQ=255) aGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTa > 2:1315201/1‑155 (MQ=255) aGCGCGTCTGACC‑TCGCGCCGCACCG‑TACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATg > 1:702997/1‑287 (MQ=255) ||| TCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACC‑AGCCGCCGCACCG‑TACG‑TAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑AGTAGCCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCT > CP042583/747127‑747680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |