| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 752,573 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 752,573 | 0 | G | C | 99.2% | 610.9 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (128/136); total (130/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 752,574 | 0 | C | G | 99.6% | 614.3 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (129/137); total (130/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 752,575 | 0 | T | A | 100.0% | 630.5 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (130/137); total (130/137) | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
ACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCGGTGTGCTCGTCATAGAGCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGGCTTACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGATGCTACCAAGTCGTAACTTTCCGAGACATAGCCCAAGCGCGAGGACCACAAATAATAACAGAATGTAATTCCCATTTAACAATTCGGCGACGTTTATATTCACGGAGGCTAACTTCTTGTTTACTAGTAAGCTGTTGAAAGAAATGGTAATTTACGATAATGTTTTTTACCAGAATTCAGGGCGCAGATTCATTCAGCGCACCTAAACGATAGTAAAGTAACAATATATTTTACTAGTGTAAT > CP042583/752285‑752853 ||| cGCCAGCACCGACCAGAACCGGTGTCGACGTCATAGAGCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTaa > 1:696865/1‑289 (MQ=255) cGCCAGCACCGACCAGAACCGGTGTCGACGTCATAGAGCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTaa > 2:266927/1‑289 (MQ=255) gCACCGACCAGAACCGGTGTCGACGTCATAGAGCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACg > 2:1964940/1‑288 (MQ=255) cACCGACCAGAACCGGTGTCGACGTCATAGAGCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACGcc > 2:190672/1‑289 (MQ=255) 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gacGTCATAGAGCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGa > 1:1361091/3‑289 (MQ=255) tAGACCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGAtcgaacc < 1:158634/289‑7 (MQ=255) agagCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGAtcgaacca > 2:469517/1‑282 (MQ=255) agagACTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTCATAACAGCGATACGACTTAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGAtcgaacca < 1:1543435/289‑8 (MQ=255) ccTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACGCCAATGGAATTa > 2:342105/1‑267 (MQ=255) cTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCACCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAAAAGAATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGAGATACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCATGTGGAtcacaccaatcaa > 2:1029310/1‑277 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |