| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 761,216 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 761,216 | 0 | A | T | 99.4% | 748.7 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (152/164); minor base C (2/0); total (155/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 761,217 | 0 | G | C | 99.7% | 745.6 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (154/164); total (155/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 761,218 | 0 | C | G | 99.7% | 749.2 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (154/163); minor base T (0/1); total (155/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
CCTGAATGTGCCTGCGCTGGTGCAGGTGGCGGCGCTCGCCATTATTATGATCCGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTAGTCTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTAGCCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAAAGTAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCAGCACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAA > CP042583/760936‑761496 ||| ccTGAATGTGCCTGCGCTGGTGCAGGTGGCGGCGCTCGCCATTATTATGATCCGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTgggg > 1:964494/1‑289 (MQ=255) aTGTGCCTGCGCTGGTGCAGGTGGCGGCGCTCGCCATTATTATGATCCGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACgg < 2:893045/289‑1 (MQ=255) gCCTGCGCTGGTGCAGGTGGCGGCGCTCGCCATTATTATGATCCGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTa > 2:846401/1‑288 (MQ=255) tGCAGGTGGCGGCGCTCGCCATTATTATGATCCGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGt > 1:1263448/1‑288 (MQ=255) ggTGGCGGCGCTCGCCATTATTATGATCCGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAg < 2:1038932/288‑1 (MQ=255) cggcgCTCGCCATTATTATGATCCGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTc > 1:1990065/1‑288 (MQ=255) cggcgCTCGCCATTATTATGATCCGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATAACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTAGTCGGAGCGGTTCAGCATTc > 2:742243/1‑288 (MQ=255) cTCGCCATTATTATGATCCGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTg > 1:232670/1‑289 (MQ=255) attattATGATCCGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGaatcaa < 1:188061/289‑5 (MQ=255) tattatGATCCGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGaatcaaaa > 1:15043/1‑283 (MQ=255) 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cGTGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCt > 2:531962/1‑289 (MQ=255) tGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAAt < 1:358289/285‑1 (MQ=255) tGGCCTCGACGTGCTGATGATTTTCAATACGCTGGGCGTGCGCGGTATTGGCGAGTTCATTCATCGCAGCGTACAAACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAAt > 2:358289/1‑285 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |