Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 465,962 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 465,962 | 0 | G | C | 99.2% | 565.6 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 465,963 | 0 | C | G | 100.0% | 565.0 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (123/117); total (123/117) | |||||||||||
* | CP042583 | 465,964 | 0 | T | A | 99.6% | 561.4 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (122/116); total (123/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGGCT‑ACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGGCTTTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCGCGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACACTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGGCTCCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGATAATCGTTGATGATGTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTACTGAGTTCAATGACGTTATTGTTGC > CP042583/465686‑466242 ||| cGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGA‑ACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGa < 2:1899734/289‑1 (MQ=255) gctgctATAGCGACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGA‑ACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAg < 1:87771/289‑1 (MQ=255) gctgctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGA‑ACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAg < 1:735836/289‑1 (MQ=255) taGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGA‑ACTGGCGACAATTCGCAGATTACAGTAATGCTGAATATCGCCTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGCCGCTGCTGCGTAAGATATACCTCAGTACGGCAATAAACCGCGATGTCTCAAGAAATTTAGCCa > 2:1240967/1‑289 (MQ=255) 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tATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGA‑ACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCGCGTCAACTCCGCTTc > 1:703810/1‑289 (MQ=255) aTCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGA‑ACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGAGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATACTCGGGTCAACATCGCTTc > 2:1626533/1‑288 (MQ=255) cAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGA‑ACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCGCGTCAACTCCGCTTCGCAGGGt < 1:115016/289‑1 (MQ=255) 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CGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGGCT‑ACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGGCTTTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCGCGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACACTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGGCTCCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGATAATCGTTGATGATGTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTACTGAGTTCAATGACGTTATTGTTGC > CP042583/465686‑466242 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |