Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 439,486 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 439,486 | 0 | A | T | 100.0% | 450.0 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 439,487 | 0 | G | C | 100.0% | 445.9 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (103/87); total (103/87) | |||||||||||
* | CP042583 | 439,488 | 0 | C | G | 99.5% | 449.6 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (102/87); total (103/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
TCAGCTTGCTGATCTGCCCGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTAGTGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTAAGCCGTGTTAGTTGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGG > CP042583/439208‑439765 ||| cccGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCGTc > 2:993812/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |