| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 466,217 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 466,217 | 0 | A | T | 100.0% | 526.3 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 466,218 | 0 | C | G | 99.1% | 514.3 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (115/104); minor base T (1/1); total (116/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 466,219 | 0 | T | A | 99.6% | 518.0 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (116/104); minor base G (0/1); total (116/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
ACATCAGTAGGGCAATAAACCGGCTTTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCGCGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACACTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGGCTCCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGATAATCGTTGATGATGTTACGGTTGATG‑TGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTACTGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTCGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGATCTTCTTTCTTTAGCACGCTTTTTAGCAATTAATCTTGATGGAATTCTGATGAG > CP042583/465940‑466496 ||| aCATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCGCGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACACTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGATAATCGTTGATGATGTTACGGTTGATG‑TGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAAt > 1:1008529/1‑289 (MQ=255) aTCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCGCGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACACTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGATAATCGTTGATGATGTTACGGTTGATG‑TGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGa > 2:1861489/1‑289 (MQ=255) gTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCGCGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACACTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGATAATCGTTGATGATGTTACGGTTGATG‑TGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGtt > 1:462748/1‑289 (MQ=255) tAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCGCGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACAATTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGATAATCGTTGATGATGTTACGGTTGATG‑TGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTa > 2:1108946/1‑289 (MQ=255) 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ACATCAGTAGGGCAATAAACCGGCTTTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCGCGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACACTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGGCTCCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGATAATCGTTGATGATGTTACGGTTGATG‑TGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTACTGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTCGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGATCTTCTTTCTTTAGCACGCTTTTTAGCAATTAATCTTGATGGAATTCTGATGAG > CP042583/465940‑466496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |