Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 767,035 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 767,035 | 0 | G | C | 98.0% | 441.9 / NA | 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/4); new base C (101/93); total (101/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.58e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 767,036 | 0 | C | G | 99.0% | 457.3 / NA | 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (100/97); total (101/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 767,037 | 0 | T | A | 99.5% | 462.6 / NA | 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (101/97); minor base G (0/1); total (101/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
GGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTGCTTGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGCACTG > CP042583/766764‑767314 ||| gggCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTg > 1:597863/1‑289 (MQ=255) gCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTggg > 2:1898871/1‑289 (MQ=255) gCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTgg > 1:1806687/1‑288 (MQ=255) cgtggctCGGCATGCATAAATGTCGGCAGTCCTCAAGAAATGCCTGACAATTTACGGGTTTTATTGGTTACTCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTggg < 2:473819/282‑1 (MQ=255) ggtggtCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGgc > 1:473288/1‑288 (MQ=255) cGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATc < 1:365851/288‑1 (MQ=255) ggCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACt < 1:351685/289‑1 (MQ=255) atcccTCACGAAATGACGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTCCCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGga < 1:302107/286‑1 (MQ=255) tCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATg < 1:248102/289‑1 (MQ=255) aCGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAACGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTCGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGa > 1:904352/1‑289 (MQ=255) aaaTGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGTCTGGAGAATGGATCg < 2:178725/289‑1 (MQ=255) aCAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCagt > 1:1155878/1‑289 (MQ=255) aCAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCag < 1:664550/288‑1 (MQ=255) aaTTTACGGGGTTTTGTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGACTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCagtag < 1:1267180/289‑1 (MQ=255) tgTTGATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGAGGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGAGCGTGGGTCAGTAGTTCCCGAt < 1:1415537/287‑1 (MQ=255) gttttATTGGTTGAGAAAGGCGTTGCGGATTAGCGATGGACTGACGGAGCGTACACGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGGCGATGACCCAACAATGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTAATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGAt < 2:1176237/286‑1 (MQ=255) ggTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGAt < 2:114383/288‑1 (MQ=255) ttGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGGTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATc > 1:1886595/1‑288 (MQ=255) gATCAAGGCGTTGCGGATTCTCGATGGCCTGACGGACCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCACTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCg < 2:346049/289‑1 (MQ=255) 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cgtcgATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGATGCAAAAt > 2:1396323/1‑289 (MQ=255) ccaccccAAACCTCGCCTTCCTGAATCCTTAACACTTCTTCCTGCCAACCCTGGTAACCCTGTTTGCGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGt < 2:744915/285‑1 (MQ=255) tGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGt < 1:1074109/288‑1 (MQ=255) 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cGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAgg < 1:636266/289‑1 (MQ=255) cGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAgg < 1:1012221/289‑1 (MQ=255) ttAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGCa < 1:127195/288‑1 (MQ=255) ||| GGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTGCTTGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGCACTG > CP042583/766764‑767314 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |