| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 783,676 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 783,676 | 0 | A | T | 98.8% | 371.2 / NA | 163 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (90/69); minor base G (1/1); total (93/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 783,677 | 0 | G | C | 99.4% | 372.4 / NA | 163 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (91/70); total (93/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 783,678 | 0 | C | G | 98.8% | 376.4 / NA | 163 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (90/70); minor base T (2/0); total (93/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGGCACCTATCGCGTCGCCGGTCAGGATGTTGCCACGCTGGACGCCGATGCGCTGGCGCAACTGCGCCGCGAGCATTTCGGCTTTATTTTCCAGCGTTACCATTTGCTTAGCCATTTAACCGCCGAGCAGAACGTTGAAGTACCCGCCGTCTATGCTGGTCTTGAGCGGAAACAGCGACTGCTTCGTGCCCAGGAGTTGCTGCAACGGCTGGGGCTGGAAGACCGTACAGAGTATTATCCGGCACAGCTTAGCGGT‑GGTCAGCAACAGCGCGTCAGCATCGCGCGGGCATTGATGAACGGTGGTCAGGTAATTCTTGCCGATGAACCAACCGGCGCACTGGACAGCCATTCTGGCGAAGAGGTGATGGCGATCCTGCATCAGCTGCGCGATCGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCT > CP042583/783403‑783957 ||| ctagcaggtaaatgCCACCGGCGTCACCTATCGCGTGTGAGGTCAGGATGTAGCAACGCTGGACGCCTATACTGTGGCGCAACTGCGCCGCGATCATTTCGGCTTTATTTTCCAGCGTTACCTTTTGCTTTCGCATTTAACCGCCGAGCAGAACTTTGAAGTACCCGCCGTCTATGCTGGTCTTGGGCTGAAACAGCGACTGCTTCGTGCCCAGGAGTTGCTGCAACGGCTGGAGCTGGAAGACCGTACAGAGTATTATCCGGCACAGCTTTCGGGT‑GGTCAGCAACAg < 2:1490232/276‑1 (MQ=255) 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ggCACAGCTTTCGGGT‑GGTCAGCAACAGCGCGTCAGCATCGCGCGGGCATTGATGAACGGTGGTCAGGTAATTCTTGCCGATGAACCAACCGGCGCACTGGACAGCCATTCTGGCGAAGAGGTGATGGCGATCCTGCATCAGCTGCGCGATCGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGa > 1:1257332/1‑288 (MQ=255) cacaGCTTTCGGGT‑GGTCAGCAACAGCGCGTCAGCATCGCGCGGGCATTGATGAACGGTGGTCAGGTAATTCTTGCCGATGAACCAACCGGCGCACTGGACAGCCATTCTGGCGAAGAGGTGATGGCGATCCTGCATCAGCTGCGCGATCGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGaa < 1:840149/268‑1 (MQ=255) cacaGCTTTCGGGT‑GGTCAGCAACAGCGCGTCAGCATCGCGCGGGCATTGATGAACGGTGGTCAGGTAATTCTTGCCGATGAACCAACCGGCGCACTGGACAGCCATTCTGGCGAAGAGGTGATGGCGATCCTGCATCAGCTGCGCGACCGTGGGCATACGGTGATTAGCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGACATTCGCGACGGCGAACTTGTGCGCAATCCTCCCGCCATCGAAAAAGTTAATGTTACGGGCGGGACGGAAc > 2:1916619/1‑288 (MQ=255) cacaGCTTTCGGGT‑GGTCAGCAACAGCGCGTCAGCATCGCGCGGGCATTGATGAACGGTGGTCAGGTAATTCTTGCCGACGAACCAACCGGCGCACTGGACAGCCATTCTGGCGAAGAGGTGATGGCGATCCTGCAGCAGCTGCGCGATCGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGCGCGGGTGCTCGAATTTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGGGAATGTTACTGTCgggcctgcac > 2:1193736/1‑281 (MQ=255) acaGCTTTCGGGT‑GGTCAGCAACAGCGCGTCAGCATCGCGCGGGCATTGATGAACGGTGGTCAGGTAATTCTTGCCGATGAACCAACCGGCGCACTGGACAGCCATTCTGGCGAAGAGGTGATGGCGATCCTGCATCAGCTGCGCGATCGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCt < 1:2000106/289‑1 (MQ=255) ||| GGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGGCACCTATCGCGTCGCCGGTCAGGATGTTGCCACGCTGGACGCCGATGCGCTGGCGCAACTGCGCCGCGAGCATTTCGGCTTTATTTTCCAGCGTTACCATTTGCTTAGCCATTTAACCGCCGAGCAGAACGTTGAAGTACCCGCCGTCTATGCTGGTCTTGAGCGGAAACAGCGACTGCTTCGTGCCCAGGAGTTGCTGCAACGGCTGGGGCTGGAAGACCGTACAGAGTATTATCCGGCACAGCTTAGCGGT‑GGTCAGCAACAGCGCGTCAGCATCGCGCGGGCATTGATGAACGGTGGTCAGGTAATTCTTGCCGATGAACCAACCGGCGCACTGGACAGCCATTCTGGCGAAGAGGTGATGGCGATCCTGCATCAGCTGCGCGATCGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCT > CP042583/783403‑783957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |