| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 784,093 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 784,093 | 0 | A | T | 98.5% | 458.3 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (88/108); minor base G (3/0); total (93/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.39e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 784,094 | 0 | G | C | 99.5% | 461.0 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (91/108); total (93/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 784,095 | 0 | C | G | 99.5% | 468.7 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (92/108); total (93/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
CGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGC‑GAGCGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCAGTGCCACACCTGCCGTCAGCCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTAA > CP042583/783817‑784373 ||| cGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTTCTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGC‑GTCGGTGGTTTCCa < 1:1193736/289‑1 (MQ=255) aTACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGC‑GTCGGTGGTTTCCATTGTCg < 1:239711/288‑1 (MQ=255) aTACGGTGATGTTCGTCACCCACGTTCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGC‑GTCGGTGGTTTCCATTGTCg < 2:368687/288‑1 (MQ=255) tACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGC‑GTCGGTGGTTTCCATTGTCgtg < 2:58394/289‑1 (MQ=255) 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gctgctCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGC‑GTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCgg > 1:557190/1‑289 (MQ=255) gctgctCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCAGGGGTGTATTATCGGCATTGC‑TTCGGTGGTTTCCATTTTCTTTGTGGGTGACGCCGCCCAACAAATTGTTCGGGccg > 2:1502209/1‑287 (MQ=255) tCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGC‑GTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGatat < 1:376650/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |