Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 784,297 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 784,297 | 0 | A | T | 99.6% | 538.2 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 784,298 | 0 | G | C | 100.0% | 543.4 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (116/117); total (116/117) | |||||||||||
* | CP042583 | 784,299 | 0 | C | G | 99.6% | 542.7 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (116/116); minor base T (0/1); total (116/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
ATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGAGCGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCAGTGCCACACCTGCCGTCAGCCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAA‑CAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGAGCATGTTTGGTAG > CP042583/784018‑784577 ||| tggcGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCTCAGCCACACCTGCCGTCTCGCAAAAcctgcgcc < 1:74097/289‑1 (MQ=255) 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aTGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCTCAGCCACACCTGCCGTCTCGCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAA‑CAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCg > 1:486649/1‑289 (MQ=255) gCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCTCAGCCACACCTGCCGTCTCGCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAA‑CAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTg > 1:1155629/1‑289 (MQ=255) gCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCTCAGCCACACCTGCCGTCTCGCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAA‑CAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTg > 1:879771/1‑289 (MQ=255) 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ggATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCTCAGCCACACCTGCCGTCTCGCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAA‑CAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAgcg > 1:553151/1‑288 (MQ=255) ttatCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCTCAGCCACACCTGCCGTCTCGCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAA‑CAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGatta > 1:1235159/1‑289 (MQ=255) ggTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTGATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCTCAGCCACACCTGCCGTCTCGCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAA‑CAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTa < 1:239166/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |