| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 468,412 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 468,412 | 0 | G | C | 99.5% | 435.8 / ‑7.0 | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (86/102); total (87/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 468,413 | 0 | C | G | 99.5% | 430.9 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (86/103); total (87/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 468,414 | 0 | T | A | 99.5% | 438.2 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (85/103); minor base C (1/0); total (87/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
GGTACTCATTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGGCTCTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGACATTATGACGTTGGCGATAAATTGTCGCCCGCGCAACGTAAGCGTTGGCAGAAGGCGCAATATTGATACTGCGCGTGAGATCGTTCAGTGCGAGTTCCGGCTGACCAGGAATGTAACGTTGCGCATGCAGCCACCAGTAGAGGGCATTGCTTCCCAGTCCACGTTTTT > CP042583/468133‑468692 ||| ggTACTCATTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGc < 1:478686/288‑1 (MQ=255) cTCATTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGatat < 1:1981543/289‑1 (MQ=255) tGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCAcc > 2:1793112/1‑288 (MQ=255) tGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCg < 1:544924/289‑1 (MQ=255) gcCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGACGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGCCTTTTCGATATCACCGCTa > 2:1604617/1‑289 (MQ=255) gcCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCGCTa > 1:1114661/1‑289 (MQ=255) gcCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCGCTa > 1:624100/1‑289 (MQ=255) 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ccAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGCAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGGGCGATATCACCGCTGTCCCACAAGGGTTAACCTAGCGCTGCTCGGGTGTTGcgg > 2:849773/1‑287 (MQ=255) gaccgaccTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCg < 1:1628267/288‑1 (MQ=255) accgaccTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCt < 2:606733/269‑1 (MQ=255) accgaccTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGgt > 1:1137606/1‑289 (MQ=255) accgaccTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATAGCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGCGTTGCTATTATTCGgt > 1:810105/1‑289 (MQ=255) aTGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCCCTGCCCGGGGTGTGCTATTATTCGgttccagttcccg > 2:1654103/1‑286 (MQ=255) 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GGTACTCATTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGGCTCTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGACATTATGACGTTGGCGATAAATTGTCGCCCGCGCAACGTAAGCGTTGGCAGAAGGCGCAATATTGATACTGCGCGTGAGATCGTTCAGTGCGAGTTCCGGCTGACCAGGAATGTAACGTTGCGCATGCAGCCACCAGTAGAGGGCATTGCTTCCCAGTCCACGTTTTT > CP042583/468133‑468692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |