Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 787,682 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 787,682 | 0 | A | T | 99.2% | 624.8 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (139/126); total (143/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 787,683 | 0 | G | C | 99.3% | 621.6 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (141/127); total (143/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 787,684 | 0 | C | G | 99.6% | 626.7 / ‑4.0 | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (142/127); minor base . (1/0); total (143/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
CAAACGCAAGAAAACCGTTAATGTGGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTAGCTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTAGCAAAGCTTTGGGCATTGA‑GCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTGGTG > CP042583/787402‑787963 ||| aaaCCGTTAATGTGGCGGATATTGAGGCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTg < 1:183945/288‑1 (MQ=255) 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tggAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCCCGCATTCCAGAGAAGTATGTTTCTCAGGGGAATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAAGGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGA‑GCTTCTGCGCTTTGATATGTc < 2:1575122/287‑1 (MQ=255) cGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGA‑GCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGtat > 1:808178/1‑289 (MQ=255) cGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCAGTGA‑GCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGtat > 2:904180/1‑289 (MQ=255) 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ggTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGA‑GCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACg < 1:865276/287‑1 (MQ=255) aCAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGA‑GCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTGGtg > 1:1143183/1‑289 (MQ=255) ||| CAAACGCAAGAAAACCGTTAATGTGGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTAGCTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTAGCAAAGCTTTGGGCATTGA‑GCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTGGTG > CP042583/787402‑787963 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |