| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 439,495 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 439,495 | 0 | A | T | 99.5% | 438.0 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 439,496 | 0 | G | C | 100.0% | 438.2 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (99/86); total (99/86) | |||||||||||
| * | CP042583 | 439,497 | 0 | T | A | 100.0% | 434.8 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (99/86); total (99/86) | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
GCTGATCTGCCCGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTAGTGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTAAGCCGTGTTAGTTGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGG > CP042583/439215‑439765 ||| gCTGATCTGCCCGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGttt > 1:89773/1‑289 (MQ=255) tGCCCGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCg > 1:1238266/1‑289 (MQ=255) cccGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCGTc > 2:993812/1‑289 (MQ=255) ggAAATTAATGGAAAAGCATGACAGCATTTATCGTTTACTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCGTCAtcgt < 2:1494483/289‑1 (MQ=255) aaaTTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCGTCAtcgtcg < 2:1847568/289‑1 (MQ=255) ttAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCt > 1:1479667/1‑289 (MQ=255) aTGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTg < 1:1184797/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |