| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 796,454 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 796,454 | 0 | A | T | 100.0% | 549.1 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 796,455 | 0 | G | C | 100.0% | 551.2 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (113/120); total (113/120) | |||||||||||
| * | CP042583 | 796,456 | 0 | C | G | 99.6% | 540.7 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (112/120); total (113/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TAGCGACCCCAGCTGGAGCCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACAACCACTGCTACACAGTAGCGGGGGAACTATTGCGCTGCTCTGCGTTTGGGCAGCGGGCCTGACGTT‑GTTCACCGGTTGGAGTTGGG‑TGACCATTGCTGAAAAACTCGGCGGCTGGATTTTAAACATTCTCACCTTCGCCAGTAATCGTACCCG > CP042583/796175‑796734 ||| ggccgccTTCGGGAGCCGTTGCTGATCCTTATTGTCCGGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCGGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGc < 2:816746/287‑1 (MQ=255) cggCGTGGCTGTTCCTTTATGTCCGGTGAGGCATCTGGTTGACGGCTGCCTGACTAGGCTTTATCCCTTCGTGGCCCAACGTGTCG‑CAAACGGCCGGGCATGAGACTATCCTTAATTTAGGTGGCGTGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTGTTAATTGTTGGCGCGATGGCTTACACCATTCCCATCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCCGCGACGAATACATTGATTATTTTTCCATTTCGCTACGCATCATTGGCGttt < 2:256014/287‑1 (MQ=255) atgCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGttt < 1:347760/286‑1 (MQ=255) aGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGttt < 2:71390/288‑1 (MQ=255) cGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGgc > 1:1483311/1‑289 (MQ=255) agtGCTGGTCCTTATTGTGCTGTTTGCGGTATGTTTCATGGCTGCCTTAATAACCTTTCACCC‑TCCGGACCCCGGCTGGTCGGAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGCTACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGgcg < 2:1224510/287‑1 (MQ=255) ttGCTGATCCGTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCGTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTA‑‑TTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCAAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTc < 1:1068622/289‑1 (MQ=255) tGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGgcgc > 2:1884088/1‑288 (MQ=255) tGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGgcgc < 1:1476192/288‑1 (MQ=255) tGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt < 1:1211934/289‑1 (MQ=255) tGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt < 2:1197061/289‑1 (MQ=255) aTCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATcc < 2:85156/289‑1 (MQ=255) aTTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCC‑TTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTAcct > 1:1224510/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |