| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 801,680 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 801,680 | 0 | A | T | 98.8% | 546.1 / ‑3.9 | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (102/136); minor base G (0/3); total (102/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 801,681 | 0 | G | C | 98.8% | 551.6 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (101/138); total (102/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 801,682 | 0 | C | G | 99.6% | 558.6 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (100/140); total (102/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
AAGTACTAACTCAGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGAGCGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGGTGGCGATCCGTTATATGTCGCGCGTCGCTGTCTGGCGATTGCGTCTGAAGACGTCGGTAATGCCGATCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCCGGCGGAAGGTGAACGCGCCATTGCTCAGGCGATTGTTTACCTGGCCTGCGCGCCAAAAAGCAACGCTGTCTACACTGCGTTTAAAGCCGCGCTGG > CP042583/801402‑801959 ||| aCTAACTCAGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAgc < 2:2001247/289‑1 (MQ=255) aaCTCAGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAgcgc > 1:1991710/1‑288 (MQ=255) aaCTCAGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGAACTGATTTCCGCACTGCCTAAGTCGGTACGTGGTAgcgc > 1:1671530/1‑288 (MQ=255) aGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGa > 1:888135/1‑289 (MQ=255) 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cGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATg < 2:301765/288‑1 (MQ=255) cGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATg < 2:485377/288‑1 (MQ=255) cGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTGAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTTCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCa > 1:1950674/1‑281 (MQ=255) 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ggAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 2:404470/289‑1 (MQ=255) gaagcaacaaacagTGGTTATGGGTGGCAGGATAGTGTTCGGACGAATGAAACACGATGCGCCATGGGTCAGCTGGGTAATGGCGACTCGAGCCGGGCGGTAAATACGCTGGTAGAGATGGCGGATATGGCCGAAGTGGATGATAGCGGGAAGCGGGTCCCGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGGACGTAGGGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACGGCATAGGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 2:1269423/275‑1 (MQ=255) gaagcaaaaaCCCGTGGCTTGGGTGGTAAGTATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 2:135608/282‑1 (MQ=255) gAAGACAAAACCCGTGGGTTTGGTGGTCAGGGTATTGTTCTGCCAGATTAAACCCGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGGGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGTAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCAGAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 1:604947/288‑1 (MQ=255) gAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 1:189874/288‑1 (MQ=255) gAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 2:382118/288‑1 (MQ=255) 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tggtggTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAatt > 1:1004523/1‑289 (MQ=255) ggtggtCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAatta > 1:614018/1‑289 (MQ=255) gtggtCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTTAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCAATGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGAGAattat > 1:1289607/1‑289 (MQ=255) 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ttttACGGTCTGATTTCCGGACTGCATAAGCCGGTACGTGGTAGCCCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTTTGCGCGAATTATTACCGATGGTGGCGATCCGTTATCTGTCGCGCGTCGCTGTCTGGCGATTGCGTCTGAAGACGTCGGTAATGCCGATCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCCGGCGGAAGGTGAACGCGCCATTGCTCAGGCGATTGTTTACCTGGCCTGCGCGCCAAAAAGCAACGCTGTCTaca < 2:887492/289‑1 (MQ=255) ttttACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGGTGGCGATCCGTTATATGTCGCGCGTCGCTGTCTGGCGATTGCGTCTGAAGACGTCGGTAATGCCGATCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCCGGCGGAAGGTGAACGCGCCATTACTCAGGCGATTGTTTACCTGGCCTGCGCGCCAAAAAGCAACGCTGTCTaca < 1:487966/289‑1 (MQ=255) ttACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGGTGGCg > 2:894994/1‑95 (MQ=255) tCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGGTGGCGATCCGTTATATGTCGCGCGTCGCTGTCTGGCGATTGCGTCTGAAGACGTCGGTAATGCCGATCAACCGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGCTTGCTTTACTCGCGTTGGCCCGGCGGAAGGTGAACGCCCCATTCCTCAGGCGCTTGTTTACCTGGCCTGCGCGCCAAAAAGCAACGCGTTCTACACTTCGttt > 2:1971950/1‑289 (MQ=255) tGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGGTGGCGATCCGTTATATGTCGCGCGTCGCTGTCTGGCGATTGCGTCTGAAGACGTCGGTAATGCCGATCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGCTTGCTTTACTCGCGTTGGCCCGGCGGAAGGTGAACGCGCCATTGCCCCGGCGATTGTTTACCTGGCTTGCGCGCCAAAAAGCAACGCTGTCTACACTGCGTTTaa > 1:68548/1‑289 (MQ=255) ||| AAGTACTAACTCAGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGAGCGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGGTGGCGATCCGTTATATGTCGCGCGTCGCTGTCTGGCGATTGCGTCTGAAGACGTCGGTAATGCCGATCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCCGGCGGAAGGTGAACGCGCCATTGCTCAGGCGATTGTTTACCTGGCCTGCGCGCCAAAAAGCAACGCTGTCTACACTGCGTTTAAAGCCGCGCTGG > CP042583/801402‑801959 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |