Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 807,128 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 807,128 | 0 | A | T | 100.0% | 662.8 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (139/139); total (139/139) | |||||||||||
* | CP042583 | 807,129 | 0 | G | C | 99.6% | 648.6 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (138/138); minor base T (1/0); total (139/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 807,130 | 0 | T | A | 99.3% | 653.4 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (137/139); minor base C (2/0); total (139/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
TGTGATCAAACCCAATGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTAGTCCAATGCGCGCTTTTAACAGCCTCAACCGGGTAGGGGCTAGTGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTAGCATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGAGTCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATG > CP042583/806850‑807409 ||| tCAAACCCAATGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCtt > 1:757998/1‑289 (MQ=255) cccAATGCCAATGGCCGCCCGACCGGGGAGAGCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATgc < 2:1843392/278‑1 (MQ=255) caggCCAATAGCCGGCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCGGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGGGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCCCGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAActcg < 2:1064984/286‑4 (MQ=255) tGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAActcgct < 2:1090032/289‑6 (MQ=255) cAATAGCCGCCCGACGGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAActcgctcaa < 1:334521/289‑9 (MQ=255) aaTAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAAc < 2:438130/289‑1 (MQ=255) aTAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTaa > 1:1843392/1‑278 (MQ=255) aTAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATATTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAAc > 2:1975704/1‑288 (MQ=255) ccgccCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCCCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCgggg > 1:46938/1‑288 (MQ=255) cgccCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTa < 2:1721362/289‑1 (MQ=255) cgccCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTa > 1:1893865/1‑289 (MQ=255) aCCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCt > 1:1241448/1‑289 (MQ=255) aTACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCttcagca < 1:1315995/288‑7 (MQ=255) 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cATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCCTTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCCCCAATGCGCGCTGTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCCCCCCGTACCTAAACCGCACGCGGTCCTATCTTTTTGGCCGTCGGCGGCATCg > 2:1796101/1‑286 (MQ=255) cATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGc < 1:1771751/288‑1 (MQ=255) cATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGCAGGGGCTTCAGCACTTGGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCCATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCgggg > 2:466770/1‑287 (MQ=255) cGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGc > 2:976929/1‑289 (MQ=255) cACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGaaaaa > 2:1889971/1‑288 (MQ=255) cGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCt < 2:601692/289‑1 (MQ=255) cGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTGTTGCCGTAGGCGGCATCGCCTGGTTGCTGGCAATGCTGGAAAAGcc > 2:1180581/1‑288 (MQ=255) ttCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTgtca > 1:989098/1‑285 (MQ=255) tcAATTTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTCGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTTACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTgtcaccggc < 1:365896/287‑9 (MQ=255) 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tCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATg > 1:1824402/1‑289 (MQ=255) tCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATg > 1:580940/1‑289 (MQ=255) tCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATg > 1:1510530/1‑289 (MQ=255) ||| TGTGATCAAACCCAATGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTAGTCCAATGCGCGCTTTTAACAGCCTCAACCGGGTAGGGGCTAGTGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTAGCATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGAGTCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATG > CP042583/806850‑807409 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |